Lieutenant Aiden Ford erholt sich nach seiner Begegnung mit einem Wraith so rasch, dass Dr. Beckett befürchtet, er könnte mit einem Wraith-Enzym infiziert sein. Alle Team-Mitglieder sind erleichtert, dass sie den ersten Angriff der Wraith auf Atlantis überlebt haben - doch die Freude währt nur kurz, denn die Wraith bereiten schon ihre nächste Angriffswelle vor. McKay entwickelt einen radikalen Plan. Aber wird die Zeit dafür noch ausreichen...?

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Ein Mitglied der Crew wird getötet, und McKay meint, eine Stromstörung sei schuld. Als ein weiteres Crewmitglied getötet wird, vermutet er jedoch faules Spiel dahinter. Ein von den Wraith kodierter Virus, der binnen kurzen die Kontrolle über die Computersysteme übernimmt, versetzt ihn in Alarmbereitschaft. Die Crew verliert zunehmend die Gewalt über die Dädalus. In einem Wettlauf gegen die Zeit versuchen sie zu verhindern, dass sich das Raumschiff gegen sie selbst wendet...

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Auf ihrer Suche nach Ford, der von einem Wraith infiziert wurde, trifft das Team auf Ronon Dex, einen furchtlosen Krieger, der einen Kampf mit den Wraith überlebt hat und seitdem ständig auf der Flucht ist. Ronon eröffnet ihnen, dass er Fords Aufenthaltsort kennt. Doch als sie Ford dann finden, wird ihnen schnell klar, dass sie ihn vielleicht nie mehr aus seiner jetzigen Existenz werden erlösen können...

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Nach einem unerwarteten Angriff sind Dr. McKay und das neue Crewmitglied Lieutenant Laura Cadman in einem Dematerialisierungsgerät im Inneren eines Wraith Dart eingeschlossen. Bei dessen Absturz werden sie gerettet, und es gelingt Dr. Zalenka, McKay wieder zu materialisieren. McKay entdeckt jedoch einen ungebeteten Gast in seinem Körper. Cadmans Bewusstsein ist mit ihm herausgeholt worden und spukt jetzt ebenfalls in seinem Kopf herum...

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Das Team besucht einen technologisch fortschrittlichen Planeten, dessen Zivilisation mysteriöserweise von den Wraith verschont geblieben ist. Es berichtet Dr. Weir von seiner Entdeckung. doch in ihr keimt der Verdacht auf, die idyllische Atmosphäre könnte auf einen unheilvollen Pakt zwischen dem Führer des Planeten und den Wraith beruhen...

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Das Atlantis-Team glaubt, eine neue Energiequelle für die Stadt entdeckt zu haben, basierend auf unausgereifter Antiker-Technologie. Doch aus Hoffnung wird Furcht, als McKays erster Versuch mit einem Toten endet. Kann McKay die Schwachstellen der Antiker-Technologie beseitigen, ohne sich selbst und Sheppard in tödliche Gefahr zu bringen...?

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Das Team begegnet dem Wissenschaftler Zaddik, der mit dem Mädchen Elija, einem Wraith-Kind, zusammenlebt. Dr. Beckett trifft sich mit Zaddik, um an Elija ein kontrolliertes Experiment mit einem Retrovirus durchzuführen, den er entwickelt hat. Doch die Formel ist noch nicht ausgereift und bewirkt das Gegenteil des gewünschten Effekts.

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Nach seiner Begegnung mit einem mutierten Wraith-Kind zeigt Sheppard Symptome ähnlich denen, die Ford nach seiner Wraith-Attacke geplagt haben. Dr. Beckett wird klar, dass Sheppards Blutkreislauf jetzt eine kleine Menge des Retrovirus' aufweist. In einem Wettlauf gegen die Zeit versucht das Team, Sheppards Leben zu retten...

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Das Team entdeckt Hunderte von Besatzungsmitgliedern, die eingefroren in Stasis-Kammern über ein Interface in einer virtuellen Realität kommunizieren. Sheppard klettert in eine leere Kammer und verbindet sich mit dem Interface. In einer der Kammern wird ein Wraith entdeckt. Das Team muss verhindern, dass der Wraith die gleichen Geheimnisse der Antiker erfährt, nach denen auch sie suchen...

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Sheppard, McKay, Teyla und Ronon werden in einen Hinterhalt gelockt und finden sich als Gefangene von Lieutenant Aiden Ford wieder. Ford will beweisen, dass das Wraith-Enzym sicher und anwendbar ist, und verabreicht ihnen das Mittel heimlich mit dem Essen. Anschließend befiehlt er dem Team, bei einer besonderen Mission zu helfen: der Zerstörung eines Hive-Schiffs der Wraith...

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Sheppard, Teyla, Ronon und Ford versuchen, von dem Schiff zu entkommen, auf dem sie als Geiseln gefangen gehalten werden. Auf Fords Planet injiziert McKay sich selbst eine Überdosis Wraith-Enzym, damit er seine Bewacher überwältigen kann. McKay und Caldwell versuchen alles, um den Rest des Teams in Sicherheit zu bringen...

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Das Atlantis-Team entdeckt ein Tor mit Zeichen der Antiker, und Sheppard wird aus Versehen auf die andere Seite hindurchgesogen. Wire entdeckt, dass Sheppard in ein Feld transportiert wurde, das die Zeit ausdehnt. Es scheint, als ob die Inschriften auf dem Stein eine Warnung enthalten: Ist das Tor durchquert, gibt es keine Wiederkehr...

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Das Team findet heraus, dass die Goa'uld eine Bombe auf Atlantis installiert haben - jegliche Überlastung würde eine Explosion hervorrufen. Die Stadt muss getarnt werden, um für die Wraith unsichtbar zu bleiben. Damit würde man jedoch die Energiequelle aktivieren, die eine Detonation auslösen könnte. Weir entdeckt, dass sich der Eindringling in den eigenen Reihen befindet...

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Während eines Testflugs verlieren McKay und ein Pilot plötzlich die Kontrolle und stürzen in den Ozean. Der Jumper sinkt zum Grund des Ozeans, und der Aufprall verursacht einen kleinen Riss, durch den Wasser eindringt. Weir und Sheppard denken sich einen Rettungsplan aus. Aber können sie ihn umsetzen, bevor die Zeit abläuft...?

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Das Team wird dem Führer eines Ortes vorgestellt, der die Gabe hat, die Bewohner vor den Wraith zu schützen. Der Lord entdeckt, dass Sheppard ebenfalls das Antiker-Gen besitzt, das benötigt wird, um das Dorf zu schützen. Er beschließt, dass Sheppard in seine Familie einheiraten und sein Nachfolger werden soll...

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Ein Energiestrahl trifft Weir und bewirkt, dass das Bewusstsein von Phoebus in ihren Körper eindringt. Sheppard willigt ein, dem Bewusstsein von Phoebus' Mann Unterschlupf zu gewähren, damit das Paar ein letztes Mal miteinander sprechen kann. Doch Phoebus hat sie hereingelegt - sie sind Feinde. Das Team muss einen Weg finden, sie aufzuhalten, bevor sie sich gegenseitig und Atlantis zerstören...

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Teyla und Ronin entdecken eine Liste gesuchter Personen, auf der sich der Name eines vermissten Teammitglieds befindet, aber auch die von Sheppard und McKay. Das Team von Sheppard und McKay wird von Komplizen der Genii als Geiseln genommen. Ihre Forderung: alle Jumper-Schiffe, die in Atlantis stationiert sind. Jetzt muss Weir mit den Genii verhandeln, bevor es zu spät ist...

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Lt. Michael Kenmore entdeckt, dass er früher ein Wraith war. Das Atlantis Team nahm ihn gefangen und versuchte, ihn mit Hilfe des Retrovirus', das Dr. Beckett entwickelt hat, in ein menschliches Wesen zu verwandeln. Das Team muss Michael davon abhalten, zu den Wraith zurückzukehren, damit er sie nicht über die Existenz von Atlantis aufklären kann...

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Das Team wird zu einem entlegenen Dorf gerufen, das von starken Erdbeben heimgesucht wird. Als McKay unter der Erde versucht, die Ursachen zu erforschen, entdeckt er, dass die Beben von einem Supervulkan ausgelöst werden. Der Anführer des Dorfes willigt ein, seine Leute zu evakuieren. Das Team sitzt jedoch fest, als das Tor von der glühenden Lava verschlungen wird.

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Michael berichtet, dass die Wraith in einen Bürgerkrieg verwickelt sind, und er möchte die rivalisierenden Wraiths in Menschen verwandeln. Als Gegenleistung versprechen die Wraith eine Fülle an Informationen über ihre Technologie. Das Angebot scheint fast zu gut, um wahr zu sein, und wie das Team bald herausfindet, scheint es nicht nur so.

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