Als SG-1 glaubt, die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker - die Erfinder des Stargates - entdeckt zu haben, beginnt das Stargate-Kommando mit der Untersuchung. Ein neues Forscherteam, geleitet von der Zivilistin Dr. Elizabeth Weir, reist zu der weit entfernten Pegasus-Galaxie, wo sie eine hoch entwickelte, aber verlassene Stadt auf dem Grund eines Ozeans entdecken. Dabei stoßen sie auf eine Gruppe menschlicher Nomaden sowie auf die gefährlichen Wraith, die ihrer Beute die Lebensenergie aussaugen um zu überleben...

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Rodney can't remove an Ancient device that makes him invincible but prevents him from eating or drinking. Meanwhile, there are power malfunctions throughout the city and one of the Athosians mentions seeing a shadow.

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Dr. McKays DNA wird so verändert, dass sie mit dem genetischen Code der Antiker übereinstimmt. Das versetzt ihn in die Lage, die zahlreichen Technologien, welche die Antiker in Atlantis hinterlassen haben, zu nutzen - aber er kann in diesem Zustand keine Nahrung zu sich nehmen. Inzwischen setzt ein athosianisches Kind bei einem Versteckspiel versehentlich ein mysteriöses Energiewesen frei. Und als Atlantis von einer Serie von technischen Pannen heimgesucht wird, erkennt das Team, dass das Schattenwesen sich tatsächlich über die Energieversorgung ernährt und Atlantis komplett die ganze Energie zu entziehen droht...

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Auf der Flucht nach einem überraschenden Zusammenstoß mit den Wraith rast das Atlantis-Team zurück zum Stargate, sitzt aber plötzlich in der Falle, als der Puddle Jumper mit einem mechanischen Defekt im Stargate stecken bleibt. Sie haben nur noch 38 Minuten bis sich das Stargate schließt - und weil die vordere Hälfte des Schiffs noch im Ereignishorizont dematerialisiert ist, würde dann das ganze Schiff mit den Insassen zerstört werden...

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Das Atlantis-Team wird bei einem Planetenbesuch von den Wraith zum wiederholten Mal in einen Hinterhalt gelockt und kann sich erst in letzter Sekunde retten. Dr. Weir hegt deswegen den Verdacht, dass einer der Athosianer ein Wraith-Spion ist. Gegen den Widerspruch von Teyla und Sheppard schränkt sie die Bewegungsfreiheit der Athosianer auf die Südseite von Atlantis ein und beginnt, sie zu verhören. Dr. Weirs anklägerischer Ton und ihr Generalverdacht führen zu einer Massenabwanderung der Athosianer aus der Stadt.

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Das Team entdeckt einen primitiven Stamm von Waldbewohnern, die seit Jahrhunderten von den Wraith in Ruhe gelassen werden. Sie wissen nichts von dem elektromagnetischen Feld, das sie vor der Wraith-Technologie schützt und glauben, dass der rituelle Selbstmord aller Stammesangehörigen in Alter von 25 Jahren die Wraith in Schach halten. Als Sheppard versucht, das Ritual zu verhindern, bekommen die Dorf-"Ältesten" es mit der Angst zu tun. Sie befürchten, dass "Erwachsene" in ihrer Mitte unweigerlich die Wraith anziehen werden...

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Bei der Erforschung einer neuen Gate-Adresse entdeckt das Team die Hoffans. Eine menschliche Zivilisation, die an der Entwicklung eines Wirkstoffs arbeitet, der gegen die Wraith immun macht. Sie glauben, für die nächsten 50 Jahre vor den Wraith sicher zu sein. Das Atlantis-Team bietet seine fortgeschrittene Technologie für die endgültige Fertigstellung des Stoffs an. Als die Hoffans erfahren, dass die Wraith von Atlantis-Team erweckt worden sind und jederzeit angreifen können, fordern ihre Führer die Impfung des Volkes mit dem ungetesteten Wirkstoff. Dr. Beckett ist entsetzt... gelingt es ihm, die Hoffans zur Vernunft zu bringen, bevor es zu spät ist...?

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Als die Vorräte in Atlantis zur Neige gehen, will Dr. Weir den Handel von Nahrungsmitteln mit anderen Planeten ausdehnen. Sheppard, McKay, Ford und Teyla unternehmen eine Handelsmission zu den Genii, einer einfachen Farmer-Population. Aber außer Säen und Ernten haben die Genii noch mehr zu bieten: ein geheimes Verteidigungssystem... und ihre Vorliebe für kriegerische Auseinandersetzungen. Wird der neue "Alliierte" das Atlantis-Team im Kampf gegen die Wraith unterstützen... oder für noch mehr Ärger sorgen?

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Als Dr. McKay ein Wurmloch zur Erde entdeckt ud Dr. Weir herausfindet, dass das Team einen Monat dort verbringen kann, bevor es nach Atlantis zurückkehren muss, ist das Team überglücklich. Dr. Weir verbringt viel Zeit mit ihrem Freund, Sheppard zeigt Teyla die Erde und McKay spannt einfach nur aus. Doch der Hyperantrieb des Raumschiffs Prometheus wird bei einem Unfall zerstört, und damit scheint plötzlich die Rückkehr nach Atlantis unmöglich zu sein...

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Atlantis stehen unruhige Zeiten bevor: Ein großer Wirbelsturm bedroht die versunkene Stadt. Da der Schutz ihrer Bewohner nicht gewährleistet werden kann, müssen sie auf den Planeten Manara evakuiert werden. Nur Dr. Weir, Sheppard und McKay sollen zurückbleiben. Der Wind bläst schon sehr heftig, als McKay und Dr. Zelenka einen genialen Plan beschließen: Sie wollen die Energie des Hurrikans nutzen, um den Schutzschild der Stadt wieder aufzubauen. Es bleiben nur noch wenige Stunden Zeit, um die nötigen Vorbereitungen zu treffen. Währenddessen sind Teyla, Ford und Beckett auf dem athosianischen Festland gestrandet...

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Die Genii haben die Macht in Atlantis übernommen. Nur Major Sheppard konnte ihnen entkommen. Nun spielt er ein gefährliches Katz-und-Maus-Spiel mit den Soldaten, die Dr. Weir und McKay in ihrer Gewalt festhalten. Major Sheppard muss die verbliebenen Mitglieder des Stargate-Teams retten, während der Stadt der unmittelbare Untergang bevorsteht.

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Major Sheppard und Dr. McKay entdecken auf einem nahe gelegenen Wüstenplaneten das Wrack eines abgeschossenen Wraith-Schiffes. Als sie das Objekt untersuchen, wird ihnen klar, dass es sich um ein Versorgungsschiff handelt, das Menschen als Nahrung geladen hat. Doch sie ahnen noch nicht, dass ein Wraith den Absturz überlebt hat und sich von der Fracht ernährt: Major Sheppard steht ein erbitterter Kampf auf Leben und Tod bevor...

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Ein Außenteam wird von einem seltsamen Virus befallen: Die Opfer halluzinieren und sterben schließlich an einer Hirnblutung. Allem Anschein nach wird die unheimliche Krankheit von Naniten hervorgerufen. Findet das Team ein probates Mittel gegen die technologische Seuche, bevor die ganze Stadt infiziert ist?

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Das Atlantis-Team wird durch eine unbekannte Macht vor Wraith-Angriffen geschützt und landet auf einem fremden Planeten, der auf sie wie das Paradies wirkt. Seine Bewohner leben in Frieden und Eintracht miteinander und scheinen keinerlei Technologie zu benötigen. Den Forschern erscheint der Ort als eine ideale Zufluchtsstätte für Verfolgte der Wraith. Sie wollen der Hohepriesterin Chaya einen Handel vorschlagen. Doch diese ist misstrauisch und will ihr Gegenüber erst besser kennenlernen. Als sie Atlantis besucht, gibt es jedoch einige Anzeichen dafür, dass das in sie gesetzte Vertrauen ungerechtfertigt sein könnte...

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Das Atlantis-Team entdeckt in einer Kälteschlafkammer eine Frau, die über 10.000 Jahre alt zu sein scheint. Das Team ist fasziniert von der Vorstellung, dass die Frau zu jener fremden Rasse gehören könnte, die Atlantis erbaut hat. Es beschließt, sie trotz des Risikos für ihr Leben aus der Kammer herauszuholen. Alle sind geschockt, als die wiederbelebte ältere Frau sich als niemand anderer als Dr. Weir zu erkennen gibt...

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Das Atlantis-Team sucht auf dem Planeten Dagan nach einem ZPM, das von einer uralten Bruderschaft versteckt worden war, um es eines Tages den Antikern zurückzugeben. Die Bruderschaft wurde jedoch von den Wraith ausgelöscht. Während das Team versucht, die Rätsel um das ZPM zu lösen, bemerken die Genii ihre Anwesenheit auf Dagan und schließen das Team bei Grabungen in einer Höhle ein. Inzwischen klingeln auf Atlantis die Alarmglocken: Ein Wraith-Raider greift die Stadt an!

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Nachdem das Team erfahren hat, dass die gesamte Wraith-Armada auf die Stadt zusteuert, wird beschlossen, die restliche Energie zu nutzen, um die Stargate-Kommandozentrale über die Bedrohung durch die Wraith zu informieren und mitzuteilen, wie es allen auf Atlantis geht. Während die anderen aus dem Team Videobotschaften für ihre Lieben aufnehmen, begeben sich Sheppard und Teyla auf eine Mission, bei der sie direkt auf die Wraith-Armee treffen werden...

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Schreckliche Alpträume von den Wraith plagen Teyla. Sie sucht den Psychologen der Stadt auf und muss erkennen, dass sie die Wraith spüren kann. Fest entschlossen, die ganze Wahrheit zu erfahren, begibt sie sich mit einem kleinen Team auf eine Mission zu einem Planeten, auf den Entführungsopfer der Wraith "wie durch ein Wunder" zurückkehrten. Dort entdeckt sie so etwas wie ein Genlabor. Könnte Teylas Verbindung mit den Wraith also das Ergebnis eines Genversuchs sein...?

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Während die Wraith-Armada Atlantis immer näher rückt, entstehen zwischen Teyla und einigen anderen Teammitgliedern Spannungen wegen ihrer seelischen Verbindung mit den Wraith. Nachdem eine Spähexplosion in einem Feuergefecht endet, wird sie beschuldigt, den Standort des Teams preisgegeben zu haben. Sheppard springt Teyla bei und verteidigt sie. Aber selbst ihm kommen Zweifel, als derjenige, der sie beschuldigt hat, bewusstlos aufgefunden wird, nachdem er von einem Unbekannten attackiert wurde...

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