Das neue Schuljahr beginnt gleich mit einem spannendem Duell. Ein neuer Student fordert Jaden heraus. Der Neuankömmling hält Jaden für unwürdig mit einem Heldendeck zu spielen und will im zeigen wer der beste Duellant der Akademie ist. Jaden lässt sich nicht aus der Ruhe bringen und gibt sein Bestes, um den Fremden zu schlagen. Doch Syrus und die anderen haben schnell bemerkt, wer der neue Student ist: Der Superstar der Profi-Duellanten Aster Phoenix.

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Chazz bestreitet das erste offizielle Duell im neuen Schuljahr. Sein Gegner ist der Neuling Reginald. Und Chazz darf bei einem Sieg wieder ins Obelisk Blue Haus einziehen. Als Reginald sich über die Slifer Red Studenten lustig macht, nimmt Chazz seine Mitschüler in Schutz. Obwohl er das Duell gewinnt, muss Chazz im Slifer Red Haus bleiben. Syrus belauscht heimlich ein Gespräch, in dem Crowlers neuer Assistent Bonaparte weiterhin fordert, das Slifer-Red-Haus abzureißen.

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Ein paar Studenten der Duellakademie haben ihre Dueldisks an Hassleberry und seine Truppe verloren. Jaden nimmt sich vor, die Disks in einem Duell zurück zu gewinnen. Aber Hassleberrys Monster bringen Jaden schwer in Bedrängnis. Erst als er seine Wolkenkratzer-Karte ausspielen kann, reißt Jaden die Partie wieder an sich und gewinnt. Anstandslos rückt Hassleberry die Dueldisks heraus. Er hat sogar vor bei Jaden einzuziehen und viel von ihm zu lernen.

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Crowler hat nur eins im Kopf: Die Duellakademie braucht einen Star! Alexis soll beim Duellieren singen und Syrus sich mit Missy duellieren. Hassleberry hilft Syrus dabei, seine Ängste vor dem Duell abzubauen. Und so tritt dieser ohne seine Karte „Kraftbündnis“ an. Missy fährt mit ihrem Insektendeck eine sehr offensive Angriffsstrategie. Aber Syrus setzt sich selbstbewusst zur Wehr und darf nach seinem Sieg in das Ra-Yellow Haus einziehen.

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Das große Duell zwischen Zane und Aster Phoenix ist überall Gesprächsthema Nummer eins. Aster stellt sich als ernstzunehmender Gegner heraus. Permanent drängt er Zane in die Defensive. Auf unerklärliche Weise bringt Aster immer wieder irgendwelche Fallen- oder Zauberkarten ins Spiel. Und als Zane am Ende verliert, sind alle sprachlos.

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Nach dem Sieg über Zane verbreitet Aster Phoenix das Gerücht, dass Jaden sein Deck mit den Heldenmonstern von ihm kopiert hat. Er fordert Jaden zum Duell heraus. Meister Sartorius prophezeit Aster eine erfolgreiche Partie. Unter Ausschluss der Öffentlichkeit treten Aster und Jaden zum Duell an. Anfangs glaubt Jaden, die Monster von Aster zu kennen. Aber nach und nach zückt der Heldenkarten, die völlig neu für ihn sind. Kann Jaden dem etwas entgegensetzen?

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Das Duell zwischen Aster und Jaden geht weiter. Aster lüftet das Geheimnis seiner mysteriösen Heldenkarten. Er verrät, dass sein Vater Kartendesigner war und vor vielen Jahren entführt wurde. Nun ist er auf der Suche nach ihm. Da der Ausgang des Duells mit Jaden offenbar vorherbestimmt ist, kann Aster ihn mühelos besiegen. Plötzlich bricht Jaden bewusstlos zusammen.

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Nach seiner Niederlage gegen Aster kann Jaden nichts mehr auf seinen Spielkarten erkennen, was ihn sehr traurig macht. Atticus will Alexis überreden, mit ihm ein Popduo zu gründen, mit dem Crowler schon große Pläne hat. Alexis ist überhaupt nicht interessiert, macht die Entscheidung aber vom Ausgang eines Duells abhängig. Und weil er ganz verrückt danach ist, mit seiner Schwester eine CD zu veröffentlichen, setzt Atticus alles daran, sie zu schlagen.

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An der Akademie machen sich immer noch alle Sorgen um Jaden. Sartorius ist sauer, dass er Jadens Seele noch nicht unter Kontrolle bekommen hat. Als nächstes Opfer sucht er sich Chazz aus. Sartorius verspricht ihm eine steile Profikarriere. In einem Duell soll Chazz aber erst mal sein Talent unter Beweis stellen. Mit düsteren Zügen zieht er ihn in seinen Bann. Am Ende ist Chazz bereit, sich Sartorius und der Gesellschaft des Lichts zu unterwerfen.

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Chazz hat sich seit dem Duell mit Meister Sartorius total verändert. Jaden ist inzwischen auf einem fernen Planeten gelandet und einem außerirdischen Delphin begegnet: Aquos. Er erhält den Auftrag, das Universum vor der Gesellschaft des Lichts zu retten. Nach einem ersten erfolgreichen Duell fällt Jaden in Ohnmacht. Als er zu sich kommt, befindet er sich wieder auf der Akademieinsel. War das vorher alles nur ein Traum?

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Don Simon, Chef des Quartiers von Ra Yellow, versucht, seine verlorengegangenen Studenten durch seine Kochkünste und ein Duell wieder zurückzubekommen. Er verliert gegen Hassleberry, aber ein gemeinsames Essen mit den Studenten muntert ihn trotzdem auf.

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Jede Nacht zieht Syrus los und sucht nach seinem Freund Jaden. Hassleberry nimmt für sich in Anspruch, Jadens bester Freund zu sein. Und so fordert er Syrus heraus, gegen ihn in einem Duell um den Titel „Jadens Bester Freund“ zu kämpfen. Syrus gewinnt und zieht in der nächsten Nacht gemeinsam mit Hassleberry los, um Jaden zu suchen.

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Zane verliert jedes Duell, als plötzlich Mr. Shroud auftaucht und ihn zu einem Untergrund-Duell in einem Käfig überredet. Dort muss er gegen den Käfigkönig Mad Dog antreten. Ein Punkteverlust wird schwer bestraft. Erst als Zane alle seine Prinzipien, wie Fairness und Respekt, aufgibt, besiegt er seinen Gegner und wird jetzt ein richtig gefürchteter Duellant.

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Jaden irrt immer noch auf der Insel umher. Und weil er seit Tagen nichts gegessen hat, träumt er von seinen vergangenen Duellen. Wheeler, der Affe, den er schon aus dem Vorjahr kennt, versucht, ihn aufzumuntern und bringt ihn dazu, Bananen zu essen. Jetzt ist Jaden wieder einigermaßen fit und macht sich auf die Suche nach der Duellakademie.

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Bonaparte engagiert Aster, der gegen Alexis antreten soll. Falls sie verliert, wird die Unterkunft Slifer Red abgerissen. Da taucht Jaden wieder auf. Nach einer Begegnung mit Außerirdischen hat er ein neues, noch stärkeres Deck und übernimmt den Platz von Alexis. Jaden ist stark, aber Aster scheint stärker zu sein …

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Durch den Einsatz seiner außerirdischen Heldenkarten gelingt es Jaden, Aster zu besiegen und die Pläne von Sartorius und Bonaparte zu durchkreuzen. Aster will an der Duellakademie bleiben und herausfinden, was Sartorius wirklich im Schilde führt.

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Crowler und Bonaparte duellieren sich. Wenn Bonaparte gewinnt, darf die Slifer Red Unterkunft abgerissen werden. Doch durch eine raffinierte Strategie gewinnt Dr. Crowler das Duell.

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Nachdem Chazz die Studenten von Obelisk Blue auf seine Seite gezogen hat, kämpft er in einem Duell gegen Alexis und macht sie zu einem Mitglied der Gesellschaft des Lichts.

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Meister Sartorius schickt den Profi-Videospieler Lorenzo zur Akademie, damit dieser gegen Jaden Yuki antritt. Jaden lässt Lorenzo seine besten Karten ausspielen, hebt sich selbst aber seine beste Karte bis zum Schluss auf und gewinnt so das Duell. Zu guter Letzt ergreift Meister Sartorius von Lorenzo Besitz, ebenso wie von Alexis und den anderen Studenten von Obelisk Blue.

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Sartorius schickt den Anwalt X, die Karten sagen eine Niederlage für Jaden voraus. X spielt in verkniffenem Anwaltsstil mit der Taktik, Jaden so viele Karten zu rauben, bis er nicht mehr ziehen kann und damit verloren hat. Jaden dreht den Spieß um und nimmt X alle seine Karten ab. Damit hat Jaden entgegen der Vorhersage der Karten gewonnen.

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Sartorius stellt fest, dass von Hassleberry eine enorme Kraft ausgeht. Aus diesem Grund setzt er alles daran, um ihn zum Duell herauszufordern. Hassleberry ist von der ungewöhnlichen Strategie seines Gegners anfangs genervt und macht sich lustig über ihn, doch am Ende muss er sich geschlagen geben. Jaden und Syrus haben Angst, dass Sartorius bei ihrem Freund eine Gehirnwäsche vornimmt, aber Hassleberry lässt sich von dessen Gefasel nicht weiter beeindrucken.

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Eine Studienreise soll stattfinden und Sartorius will unbedingt das Ziel festlegen. Jaden möchte ein Duell und der Gewinner des Duells soll über das Reiseziel entscheiden dürfen. In der Duell-Arena sieht sich Jaden einer Prinzessin gegenüber. Sie macht mit einer Reihe von Fröschen und Kröten Jaden die Partie nicht gerade leicht. Aber schließlich gewinnt doch Jaden und entscheidet sich als Reiseziel für die Heimatstadt von Yami Yugi.

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Jaden kommt mit seiner Reisegruppe in Domino-City an. Gemeinsam mit Syrus und Hassleberry unternimmt er einen Stadtrundgang. Dabei begegnen sie Yugis Großvater, der ihnen anbietet, ihnen die Stadt zu zeigen. Plötzlich ist der Großvater verschwunden. Sie machen sich getrennt auf die Suche. Syrus und Hassleberry treffen auf Thunder und Frost, zwei Mitstreiter von Sarina. Die zwingen sie zu einem Viererduell.

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Sartorius stattet Kaiba einen Besuch ab. Er würde gerne Kaiba Land exklusiv mieten. Jaden, Großvater und Aster suchen weiter nach Syrus und Hassleberry. Die beiden duellieren sich immer noch mit Thunder und Frost und geben dabei den Ton an. Aber dann setzt Frost zum Gegenangriff an …

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Sarina schickt Jaden ihre beiden Handlanger T-Bone und Blaze auf den Hals. Sie sollen Jaden im Duell besiegen und zu ihrem Unterschlupf bringen. Anfangs bringt T-Bone die Akademiestudenten in eine brenzlige Situation, doch nach und nach kann sich Jaden den Angriffen des Pseudo-Rappers entziehen. Trotzdem hat Sarina etwas in der Hand, um Jaden zu erpressen.

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Jaden und Aster betreten Kaibas virtuelle Realität und werden sofort digitalisiert. Hier treffen sie auch Hassleberry und Syrus, die eine seltsame Form angenommen haben. Plötzlich taucht Sarina auf und fordert die beiden zum Duell heraus. Sie soll dabei raus finden, ob Aster oder Jaden der Auserwählte ist, auf den Sartorius wartet. Und nur der wird die digitale Welt wieder verlassen …

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Das Duell mit Sarina geht weiter. Sie führt den alles entscheidenden Test durch. Wer ist nun der Auswählte? Aster und Jaden arbeiten sehr gut als Team zusammen. Am Ende muss sie feststellen, dass beide über die Kraft verfügen, die Sartorius benötigt. Da sie glaubt, dass Sartorius nur als armes Opfer einer noch höheren Macht dient, nimmt sie den beiden Duellanten ein Versprechen ab. Wenn es ihnen gelingt, aus der virtuellen Welt zu fliehen, sollen sie Sartorius helfen, sich von dieser Macht zu befreien.

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Als die Studenten von ihrer Reise zurückkommen, herrscht ungewohnte Ordnung und Sauberkeit in den Zimmern. Hinter allem soll Alice, eine neue Studentin, stecken. Hassleberry verliebt sich sofort in sie. Doch bald stellt sich heraus, dass Alice eine finstere Seite besitzt, der sie in einem Duell mit Jaden freien Lauf lässt.

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Jaden trifft mit Bob zusammen, der wahnsinnig in Alexis verknallt ist. Um ihr zu imponieren, fordert er Jaden heraus. Er legt das Duell wie eine Quizshow an. Obwohl Jaden viele Vorteile nicht nutzt, gewinnt er das Match.

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Bastion will, dass endlich sein Talent anerkannt wird und versucht, in der Weißen Unterkunft aufgenommen werden. Doch erst mal blitzt er ab. Er überarbeitet sein Deck und fordert Sartorius heraus. Allerdings muss er sich mit Chazz als Duellgegner begnügen. Bastion hat sich so gut vorbereitet, dass ihm der Sieg sicher ist. Doch nun steht er vor einem Problem, denn er wird nur in der Gesellschaft des Lichts aufgenommen, wenn er verliert.

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In einem entlegenen Tempel fordert Sheppard Zane zu einem Duell heraus. Sheppard will aus dem neuen, rücksichtlosen Zane wieder den alten machen, und Zane möchte von Sheppard dessen Unterwelt-Deck. Zane verrät seinen Cyber-Enddrachen, gewinnt das Duell und damit auch das Unterwelt-Deck. Sheppard gibt ihm eine Medaille, die gleichzeitig eine Eintrittskarte zu einem ultimativen Turnier ist.

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Profis aus aller Welt sind zum GX Turnier an die Duellakademie eingeladen. Jeder Teilnehmer erhält eine Medaille und bekommt bei einem Sieg das Medaillon seines Gegners. Wer zum Schluss alle Medaillons besitzt, hat das Turnier gewonnen. Meister Sartorius erscheint persönlich und fordert Prinz Ojin zu einem Zweikampf heraus. Dabei gewinnt er nicht nur das Medaillon, sondern auch einen Satelliten mit der neuesten Technologie der Gedanken-Kontrolle …

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Der Karten-Designer Franz hat in der Firma Industrial Illusions von Pegasus eine Kopie der ägyptischen Götterkarte Ra entwendet, und setzt diese beim Turnier auf der Insel der Duellakademie ein. Jaden tritt gegen ihn in einem Duell an. Im Gegensatz zu Franz behandelt er Ra mit Respekt und es gelingt ihm, Ra gegen Franz einzusetzen und das Duell zu gewinnen.

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Orlando, der Duellmeister der darstellenden Künste, tritt gegen Jaden an. In einem ausgesprochen theatralischen Duell scheint er die Oberhand zu behalten, bis Jaden doch noch das Ruder herumreißt und damit sein erstes Medaillon gewinnt.

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Jaden findet die drei Ojama-Karten, die Chazz weggeworfen hat. Mit dessen ehemaligen Lieblingen tritt er gegen Chazz an, der immer noch von Sartorius kontrolliert wird. Die Karten von Meister Sartorius scheinen aber stärker zu sein …

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Während des Duells gelingt es Jaden, Chazz wieder in die Gegenwart zurück zu holen und Sartorius’ Gehirnwäsche wieder rückgängig zu machen. Chazz, der nun wieder ganz der Alte ist, holt sich als erstes die drei Ojamas auf seine Seite und verliert das Duell gegen Jaden. Er beschließt, Alexis aus den Klauen von Sartorius zu retten.

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Atticus stellt sich Zane in einem Duell, um seinen Freund aus den Klauen der Finsternis zu befreien. Dabei melden sich allerdings auch in ihm die Schatten der Vergangenheit. Zane gewinnt das Duell, ohne jedoch wieder er selbst zu werden. Auf die GX-Medaille von Atticus legt er keinen Wert.

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Wir erleben ein Wiedersehen mit den alten Bekannten Damon und Belowski, die gegen Profis antreten und gewinnen. Auch Alexis kämpft gegen den Profi Maitre D und gewinnt.

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Jaden duelliert sich mit Lucien, einem Studenten der Nord-Akademie, der einen Pakt mit dem Sensenmann hat. Der Sensenmann gestattet ihm, jede Karte zu ziehen, die er will – dafür muss Lucien ihm seine Seele überlassen. Während des Duells gibt Jaden Lucien sein Selbstvertrauen zurück, so dass dieser den Pakt mit dem Sensenmann löst und zu sich zurück findet.

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Pegasus landet auf der Insel. Bonaparte und Crowler, die von Kanzler Sheppard gefeuert wurden, betteln ihn um einen Job an. Pegasus gibt ihnen eine Chance und tritt gegen die beiden zum Duell an. Wenn sie gewinnen, stellt er sie ein. Crowler und Bonaparte verlieren zwar, beweisen aber während des Duells Team- und Kampfgeist, so dass Pegasus ihnen eine Anstellung anbietet. Doch vorher nimmt Kanzler Sheppard seine Kündigung zurück.

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Die gute Seite von Sartorius übergibt jeweils Jaden und Aster einen Schlüssel. Beide sind nötig, um den Satelliten zu steuern, mit dem der finstere Sartorius die Gedanken der Menschheit kontrollieren will. Der finstere Sartorius schickt Alexis los, um sich in einem Duell von Jaden einen Schlüssel zu holen. Jaden lässt sich auf das Duell ein, aber Alexis macht ihn eiskalt fertig. Jaden scheint an ihren eisigen Karten zu scheitern …

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Jaden muss weiter im eisigen Duell gegen Alexis schlottern. Zug um Zug bringt sie ihn in Bedrängnis. Ihr Angebot, lieber aufzugeben, schlägt er ab. Jaden will Alexis unbedingt besiegen, um sie aus den Fängen der Gesellschaft des Lichts zu befreien. Als er nur noch hundert Lebenspunkte hat, kommt ihm die rettende Idee: Er muss die Karten seiner Freunde nutzen. Nach einer mächtigen Kartenfusion besitzt Jaden ein Monster, mit dem er Alexis in die Knie zwingen kann. Jetzt hat Sartorius keine Macht mehr über sie.

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Syrus macht Riesenfortschritte beim Duellieren. Jaden meint, dass es langsam Zeit für ihn wäre, gegen seinen Bruder Zane anzutreten. Kurz darauf stehen sich Syrus und Zane im Duell gegenüber. Syrus ist von dem neuen, düsteren Zane wenig begeistert. Er hofft, dass er ihn durch einen Sieg von seinem Unterwelttrip abbringen kann. Anfangs kann sich Syrus gegen seinen Bruder behaupten. Doch am Ende geht Zane als Sieger vom Platz.

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Sartorius ist immer noch hinter den Satellitenschlüsseln her. Er arrangiert ein Duell zwischen Professor Eisenstein und Jaden. Falls Jaden verliert, müsste er den Schlüssel abgeben. Eisenstein vertraut beim Duellieren ausschließlich auf wissenschaftliche Methoden. Den Faktor Glück, auf den Jaden so sehr baut, hält er für völlig unbedeutend. Nach einem packenden Duell steht aber Jaden als Sieger fest. Der Professor muss seine Meinung ändern.

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Aster ist noch immer auf der Suche nach der Schicksalskarte, die vor vielen Jahren seinem Vater gestohlen wurde. Er weiß: Wenn er die Karte findet, findet er auch den, der damals seinen Vater entführt hat. Aster verfolgt im Fernsehen den Titelkampf zwischen Collector und dem amtierenden Weltmeisters „D“. Bei „D“ ist Aster aufgewachsen. Mitten im Duell fällt die Fernseh-Übertragung aus. Aster nimmt besorgt Kontakt mit „D“ auf und erfährt schreckliche Neuigkeiten.

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Aster erfährt noch mehr darüber, wie und warum sein Vater verschwunden ist. Dann steht er „D“ im Duell gegenüber. Bald wird ihm klar, was es mit dem Schicksalshelden Plasma auf sich. Aster nimmt Kontakt zu seinem Vater auf. Der verrät ihm, dass Sartorius vom dunklen Licht besessen ist. Nur wenn Aster ihn besiegt, kann er die Welt retten.

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Linda bittet Jaden, sich mit Prinz Ojin zu duellieren. Für den Fall, dass Jaden siegt, würde er den Prinzen der Kontrolle von Sartorius entreißen. Wenn er verliert, müsste er jedoch Sartorius seinen Satellitenschlüssel wiedergeben. Ojin wird nach und nach immer schwächer, da es ihm allein um die Macht geht. Jaden baut auf die Unterstützung seiner Freunde und gewinnt das Match.

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Sartorius fordert von Aster einen der beiden Schlüssel für den Satelliten. Aster bietet ein Duell an – der Gewinner bekommt den Schlüssel. Sartorius scheint das Schicksal zu kennen und vertraut darauf, das Duell zu gewinnen

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Während des Duells zwischen dem Finsteren Sartorius und Aster vereinigen der Gute Sartorius und Aster ihre Kräfte, um das Wesen, das den Körper von Sartorius beherrscht, zu besiegen. Der finstere Sartorius gewinnt das Duell und damit den Kampf um den Schlüssel für den Satelliten.

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Um seinen Freund Aster zu retten, gibt Jaden Sartorius den zweiten Satelliten-Schlüssel. Neos taucht auf und es kommt zu einem Duell zwischen Jaden und Sartorius. Sartorius schickt Ojin los, um mit Hilfe des Satelliten die gesamte Menschheit zu manipulieren. Jetzt muss Jaden das Duell gewinnen, um die Menschheit zu retten.

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Der hypnotisierte Ojin bringt den Satelliten in Position, der die gesamte Menschheit manipulieren soll. Der, von einem Alien besessene, Sartorius kämpft weiter in einem Duell gegen Jaden und merkt, dass Jaden tatsächlich das Schicksal beeinflussen kann.

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Während Jaden den „Erleuchteten“ Sartorius im Duell besiegt, setzt Hassleberry gemeinsam mit Sarina und Neos den Satelliten außer Kraft. Sartorius ist wieder frei und ist zu guter Letzt wieder mit seiner Schwester Sarina vereinigt.

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