3x1 – Es naht
Ein Undercover-Einsatz enthüllt einen tödlichen Feind, der die Familie Kent für immer zu verändern verspricht; John Henry wird von der Vergangenheit seines Doppelgängers heimgesucht; Sarah erkundet, was die Zukunft für sie und Jordan bereithält; General Samuel Lane fordert seinen Posten zurück.
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3x2 – Unkontrollierbare Kräfte
Clark und Chrissy bemerken beide einen kleinen Riss in Lois' Pokerface. Währenddessen haben Sarah und Jordan eine unangenehme Begegnung. Und schließlich erhält Lana einen panischen Anruf.
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3x3 – Kaltblütig
Lois und Chrissy verfolgen gegen Clarks Willen eine neue Spur in den Mannheimer Ermittlungen. Währenddessen wird Jonathan, Jordan und Nat's Versuch einer freundlichen Geste durch ein unerwartetes Hindernis erschwert. Und schließlich gewöhnen sich Lana, Sarah und Kyle an ihre eigene neue Normalität.
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3x4 – Geschwister in beiden Welten
Lois unterbricht ein intensives Gespräch zwischen Clark und John Henry. Währenddessen versucht Kyle, zwischen Sarah und Lana zu vermitteln. Und schließlich hat Jonathan eine hitzige Diskussion mit Candices Vater.
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3x5 – In der Höhle des Löwen
Clark und General Lane tun sich beide schwer damit, Lois Raum für eigene Entscheidungen zu geben. Währenddessen treffen Lana und Sarah im Diner auf einen alten Freund. Und schließlich hat Natalie einen Überraschungsbesuch.
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3x6 – Gruppentherapie mit Superman
Clark findet sich auf unbekanntem Terrain wieder, und Lois lernt einen neuen Freund kennen. Währenddessen stattet Superman Bruno Mannheim einen Überraschungsbesuch ab. Schließlich überlässt Lana Sarah die Verantwortung, während sie bei einem Treffen mit Chrissy ist.
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3x7 – Auf immer und ewig
Lois und Clark recherchieren weiter über Bruno Mannheim, beginnend mit seinen Verbindungen zum Hob's Bay Medical Center, während Jonathan und Jordan zu Hause wegen Lois' schlimmer Diagnose in Panik geraten. Währenddessen kommt Matteo nach Smallville, um John Henry zum ersten Mal zu treffen, und Sarah und Chrissy beginnen, das Eis zu brechen.
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3x8 – Rate, wer zum Essen kommt
Nachdem er erfahren hat, dass Bruno und Peia verheiratet sind, bemüht sich Clark, Lois' Interesse daran zu wecken, Bruno zur Strecke zu bringen. An anderer Stelle trifft Natalie zum ersten Mal Matteos Eltern - mit katastrophalen Folgen. Währenddessen geraten die Kent-Jungs aneinander, als Jordan sich in Jonathans Training in der Feuerwache einmischt, Lana freundet sich mit General Lane an, um ihre gemeinsame Angst vor einer neuen Beziehung zu überwinden, und Sarah erkennt, dass ihre Mutter einen Freund braucht.
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3x9 – Das Kleid
Superman und John Henry streiten sich darüber, wie sie mit Bruno Mannheim umgehen sollen, während Lois sich Sorgen über die bevorstehenden Behandlungen macht und Lana von ihrer frühen Beziehung zu Clark erzählt. In der Zwischenzeit arbeiten Jonathan, Jordan und Sarah zusammen, um Natalie zu helfen, mit den Nachwirkungen der Begegnung mit Matteos Familie umzugehen.
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3x10 – Auf Kollisionskurs
Lois versucht, Peia zu befragen, in der Hoffnung, die Wahrheit über einen alten Fall herauszufinden, während Clarke darum kämpft, Zeit mit den Jungs zu verbringen. Währenddessen finden sich Jonathan und Jordan auf einer Party wieder, wo sich die Spannungen zwischen Sarah und Jordan zuspitzen. Während Kyles Verdacht auf einen lokalen Meta-Menschen wächst, muss Lana ihr Privatleben mit einem Besuch des Gouverneurs in Einklang bringen. Schließlich trifft Matteo eine lebensverändernde Entscheidung.
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3x11 – Komplikationen
Clark hilft Lois bei den Vorbereitungen für einen Eingriff, muss aber die Jungs bei ihr lassen, um John Henry und General Lane bei der Suche nach den Mannheims zu helfen. Währenddessen geraten John Henry und Nat wegen ihres Wunsches, Matteo zu helfen, aneinander, und Brunos Pläne gehen schief, als sich Peias Zustand verschlechtert.
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3x12 – Lex Luthor
Lois und Clark geraten mit Jordan aneinander, weil er seine Kräfte unvorsichtig in der Öffentlichkeit einsetzt, während Jonathan mit Kyles verändertem Verhalten auf der Feuerwache zu kämpfen hat. In der Zwischenzeit ist Sarah von Lana frustriert, nachdem sie die Dinge mit Jordan versehentlich noch komplizierter gemacht hat. Und schließlich soll Lex Luthor nach siebzehn Jahren hinter Gittern aus dem Gefängnis entlassen werden.
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3x13 – Doomsday
Ganz Smallville kommt zusammen, um einen Meteoritenschauer zu sehen, und Lex Luthor macht seinen Zug.
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