Auf einer Zeitreise-Tagung begegnet Wissenschaftler Rintarō Okabe einer Frau, die behauptet, sie wären sich 15 Minuten zuvor begegnet. Dann wird sie brutal ermordet.

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Okabe wird von einer angeblichen Zeitreisenden aufgesucht und führt einen ersten erfolgreichen Test seiner Mikrowellen-Zeitmaschine durch – an einer Banane.

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Okabe erfährt, dass seine Mikrowelle Nachrichten in die Vergangenheit senden kann. Als er sich in das SERN-Netzwerk hackt, stößt er auf ein schockierendes Geheimnis.

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John Titor teilt Okabe mit, dass er die SERN-Dateien nur mit einem IBN 5100-Computer vollständig dekodieren kann, ein seltenes Modell, das nur schwierig zu finden ist.

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Okabe deckt grausame Einzelheiten zu den Zeitreiseexperimenten von SERN auf und wird von Suzuha vor Kurisu gewarnt.

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Okabe experimentiert mit dem Versand von Textnachrichten in die Vergangenheit, sogenannten „D-Mails“. Moeka erfährt, was wirklich hinter Okabes Arbeit steckt.

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Als Okabe mit einer D-Mail erfolgreich die Zeit verändert, führt dies dazu, dass Titor glaubt, Okabe könne die Welt vor einer dystopischen Zukunft retten.

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Okabe experimentiert weiter, was zu Verschiebungen der Weltlinien führt, an die nur er sich erinnert, und zum Versuch, Ruka als Frau wiedergeboren werden zu lassen.

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Aufgrund einer der Weltlinien-Verschiebungen verschwindet der wichtige IBN 5100-Computer, während eine andere die physischen Eigenschaften der Stadt verändert.

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Okabe erhält eine bedrohliche Textnachricht. Suzuha, die ihren Vater nicht finden kann, kehrt nach Hause zurück, ohne sich zu verabschieden.

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Ein Fernseher im Reparaturgeschäft ist mit der Fähigkeit zum Senden von D-Mail verknüpft. Kurisu nimmt an, damit könnten Erinnerungen durch die Zeit gesendet werden.

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Kurisu stellt ihre neue Zeitmaschine fertig, die Erinnerungen in die Vergangenheit senden kann. Suzuha befürchtet, ihr Schicksal sieht vor, dass sie SERN-Agentin wird.

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Okabe nutzt die Zeitmaschine, um den Mord an Mayuri zu verhindern, erfährt aber schnell, dass die Mission nicht so einfach ist, wie er gedacht hat.

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Okabe ist zutiefst betrübt, weil er Mayuri nicht retten konnte. Kurisu erklärt, dass dies unmöglich sein könnte, und Suzuha macht eine erstaunliche Entdeckung.

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Suzuha enthüllt, wie SERNs Plan bis 2036 zu einem totalitären System führen wird. Okabe und der Rest des Teams machen sich auf die Suche nach Suzuhas Vater.

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Okabe findet Suzuhas Vater, doch führt sein Versuch, sie wiederzuvereinigen, zu einer Tragödie. Er macht sich sofort auf, sie mithilfe der Zeitmaschine zu korrigieren.

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Als er entdeckt, dass Mayuri immer noch zum Sterben verdammt ist, arbeitet Okabe mit Kurisu daran, die Wirkung der D-Mails aufzuheben, die die Zeit verändert haben.

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Okabe will Ruka davon überzeugen, dass sie ursprünglich männlichen Geschlechts war und Mayuri nur durch Rückgängigmachen der D-Mails gerettet werden kann.

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Okabe entdeckt, dass Moeka Selbstmord begangen hat. Er versucht, die Tat mithilfe von D-Mails rückgängig zu machen, wodurch sich Moeka verraten fühlt.

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Okabe findet den fehlenden IBN 5100 und enthüllt die Identität der mysteriösen Person „FB“. Das Wiederbeschaffen des Computers würde aber den Verlust von Kurisu bedeuten.

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Okabe hofft, Kurisu am Leben zu halten, indem er nicht mit dem IBN 5100 hackt. Doch er muss erkennen, dass entweder sie oder Mayuri in der Beta-Weltlinie sterben muss.

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Kurisu überzeugt Okabe davon, sie sterben und Mayuri leben zu lassen. Als Okabe die Telefonmikrowelle zerstört, erhält er eine wichtige Nachricht von Suzuha.

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Okabe reist mit Suzuha bis zum Moment direkt vor Kurisus Tod in der Zeit zurück. Sie werden Zeugen des Zeitmaschinen-Wettrüstens und des Beginns des 3. Weltkriegs.

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Okabe erbringt ein persönliches Opfer, um die Weltlinien zu korrigieren und das Leben seiner Partner zu retten.

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After being invited to Los Angeles by Faris, Okabe finds himself chasing after someone who looks strikingly like Suzuha. Later, Okabe and Kurisu discuss their potential love for each other.

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