Die Beziehung zwischen Penny und Leonard kühlt sich schnell wieder ab, als Penny den Eindruck bekommt, nicht gebildet genug für Leonard zu sein. Sie vertraut dies Sheldon an, der aber fortan ständig befürchtet, sich vor Leonard zu verraten, und deswegen beschließt auszuziehen. Aber weder Rajesh noch Howard können ihn als neuen Mitbewohner ertragen.

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Penny hat einen neuen Freund und der sitzen gelassene Leonard beschließt, sich auch einer neuen Beziehung zuzuwenden. Als Leslie Winkle versucht, mit ihm eine „ernsthafte Beziehung“ zu beginnen, geht er daher darauf ein, sehr zum Ärger von Sheldon, der Leslie Winkle nicht leiden kann. Sein Ärger wird noch gesteigert, als Leonard für Leslie und sich Privatsphäre einfordert und er dafür aus der Wohnung verbannt wird.

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Nachdem sie ihre Erfolglosigkeit im wahren Leben erkennt, flüchtet Penny in die virtuelle Realität eines Online-Rollenspiels, auf das sie von Sheldon aufmerksam gemacht wird. Sie wird süchtig nach dem Spiel und vernachlässigt bald ihre körperliche Hygiene. Zudem will sie ständig Tipps von Sheldon, weswegen sie ihn sogar mitten in der Nacht oder auf der Arbeit stört.

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Rajesh entdeckt einen neuen Himmelskörper und wird dafür vom People Magazine geehrt. Sheldon weiß dies nicht zu würdigen, im Gegensatz zu den anderen und vor allem Dr. Gablehauser, der sich im Erfolg seines Wissenschaftlers sonnt. Er gibt Rajesh einen Assistenten und ein größeres Büro und Rajesh steigt der Ruhm langsam aber sicher zu Kopf.

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Leonards Arbeitszeiten haben sich geändert, daher kann er Sheldon nicht mehr mit zur Uni nehmen. Da Sheldon sich weigert, den Bus zu nehmen, müssen seine Freunde einspringen und ihn zur Uni fahren. Aber keiner schafft es, ihn als Beifahrer zu ertragen und so überreden seine Freunde ihn, den Führerschein zu machen. Howard installiert ihm eine Fahrsimulator-Software, mit der Sheldon üben soll.

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Nach einem Vortrag an der Universität hat Sheldon eine Verehrerin, Ramona Nowitzki, welche ihn bei seiner Arbeit unterstützt und fördert. Sie greift immer mehr in Sheldons Alltag ein und übernachtet sogar in der WG, um ihn auf Schritt und Tritt kontrollieren und sicherzustellen zu können, dass er durch nichts von seiner Arbeit abgelenkt wird.

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Da Pennys Fernseher defekt ist, sieht sie sich in der WG die Folgen von America’s Next Top Model an. Als Howard und Rajesh erfahren, dass sich das Haus der Models ganz in der Nähe befindet, versuchen sie, es in der Folge mit modernster Technik zu finden. Unterdessen fangen Penny und Sheldon einen Kleinkrieg an, der sich daran entzündet, dass Penny versehentlich Sheldons Essen berührt.

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Howard gelingt es, eine Frau, Stephanie Barnett, ins Kontrollzentrum des Mars Rovers zu bringen. Bei dieser Aktion geht der Rover verloren und Howard vernichtet alle Aufzeichnungen, damit man ihm nichts nachweisen kann – was sich am Ende aber als voreilige Entscheidung erweist. Die enttäuschte Stephanie findet Gefallen an Leonard und beginnt eine Beziehung mit ihm.

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Sheldon versucht mit allen Mitteln zu erreichen, dass Leonard und seine neue Freundin Stephanie längerfristig zusammen bleiben, denn im Gegensatz zu Penny hält er sie für eine würdige Freundin für seinen Mitbewohner und für eine Bereicherung seines eigenen Freundeskreises. Er befürchtet, Leonard könnte die Beziehung ruinieren und will ihm daher bei jeder Gelegenheit unter die Arme greifen, jedoch empfinden beide ihn nur als störend.

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Sheldon hört ständig einen hohen Ton und befürchtet deshalb, einen Tumor im Kopf zu haben. Daher geht er Leonards Freundin Stephanie auf die Nerven und bittet sie um ständig neue Untersuchungen. Um ihn loszuwerden behauptet sie, er habe eine Kehlkopfentzündung und dürfe für einige Tage nicht sprechen, worauf Sheldon tatsächlich hereinfällt.

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Sheldon erfährt, dass er von Penny ein Weihnachtsgeschenk bekommen wird, und steht daher vor dem Problem, auch ein geeignetes Geschenk für sie zu finden. Er fasst den Plan, vergleichbare Artikel in verschiedenen Größen zu kaufen, um ihr auf jeden Fall einen gleichwertigen Artikel zum Gegengeschenk machen zu können, nachdem er den Wert ihres Geschenks recherchiert hat.

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Nach einem seiner zahlreichen Flirtversuche verweist Penny Howard überdeutlich in seine Schranken. Dies verletzt ihn so sehr, dass er sich in seinem Zimmer verkriecht und nicht einmal mehr damit beschäftigt, seinen Freunden, die sich auf ein Roboterkampf-Turnier vorbereiten, beizustehen. Penny entschuldigt sich auf Leonards Bitte hin bei Howard und dieser erzählt ihr seine Lebensgeschichte. Sie zeigt zum ersten Mal Verständnis für sein Verhalten, was Howard aber mit für ihn unangenehmen Folgen fehlinterpretiert.

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Um seine Forschung vorantreiben zu können, braucht Sheldon den Open Science Grid Computer, der von Barry Kripke verwaltet wird. Als er erfährt, dass Kripke angeblich bevorzugt seine Freunde das Grid benutzen lässt, versucht Sheldon mit Kripke Freundschaft zu schließen. Da ihm dies anfangs nicht so recht gelingen will, beginnt er Studien über das Wesen der Freundschaft und generiert schließlich aus einem Kinderbuch den perfekten Algorithmus, um Freundschaft zu schließen.

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Da Penny mit einigen Rechnungen in Verzug ist, beschließt Sheldon, ihr Geld zu leihen. Er sieht darin überhaupt kein Problem und erwartet gar keine baldige Rückzahlung, da er das Geld ohnehin nicht braucht. Penny hingegen ist fortan stets angespannt und glaubt hinter harmlosen Aussagen von Sheldon, versteckte Anspielungen herauszuhören, dass sie das Geld zurückzahlen solle.

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Leonards Mutter Beverly, eine Koryphäe auf dem Gebiet der Psychoanalyse, kommt zu Besuch. Sie und Leonard sind einander entfremdet, da Beverly gefühlskalt ist und Leonard sich von ihr nicht geliebt und anerkannt fühlt. Auch Pennys Begegnung mit Leonards Mutter ist für sie wenig erfreulich, da sie Penny ein Gespräch über deren schwieriges Verhältnis zu ihrem Vater und unangenehme Kindheitserinnerungen aufzwingt.

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Nach einem Paintball-Turnier einiger Fakultäten von Leonard und Sheldons Universität beginnen Leslie Winkle und Howard eine Affäre. Für Howard erweist diese sich als vorteilhaft, da sie über zusätzliches Budget verfügt und ihm ein von ihm gewünschtes Gerät beschaffen kann. Zudem ermöglicht sie ihm eine Reise zum CERN, erwartet dafür aber von Howard eine Gegenleistung und macht dabei deutlich, dass sie keineswegs eine „normale“ Beziehung mit ihm führen will.

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Sheldon möchte mit seinen Freunden eine Physikfachkonferenz in San Francisco besuchen, um seine Forschungsergebnisse zu präsentieren. Aufgrund Sheldons Leidenschaft für Eisenbahnen wird zum Ärger der anderen eine Zugfahrt angetreten. Im Waggon flirten Rajesh (der versehentlich alkoholfreies Bier trinkt, dies aber erst nicht bemerkt und daher nicht von seinem üblichen Problem mit Frauen gehemmt ist), Howard und Leonard erfolglos mit der Schauspielerin Summer Glau, während Sheldon verzweifelt versucht, Penny dazu zu bringen, ihm seine Forschungsergebnisse, die er zuhause vergaß, per Mail zuzuschicken. Am Ende der Folge trifft Sheldon auf der Konferenz den Nobelpreisträger George Smoot, der aber seinen Enthusiasmus für eine gemeinsame Arbeit nicht teilt.

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Penny sieht eine neue Karriere als Haarspangenfabrikantin. Als sie Sheldon von ihrer neuen Einnahmequelle erzählt, macht er ihr schnell klar, wie wenig profitabel ihre Herangehensweise ist und hat natürlich sofort Verbesserungsvorschläge. Es dauert nicht lange, bis auch Leonard, Rajesh und Howard an der Optimierung der Herstellung mitwirken.

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Sheldon ist schockiert, als er erfährt, dass eine Wohnung im Haus frei wird, denn das bedeutet eine Veränderung. Howard fasst zu Pennys Entsetzen den Plan, dort einzuziehen, nach einem Streit mit seiner Mutter gibt er das Vorhaben aber wieder auf. Als dann schließlich die neue Nachbarin Alicia, wie Penny eine attraktive junge Schauspielerin, einzieht, erkennt Penny darin eine Konkurrentin – denn Alicia ist nicht nur als Schauspielerin viel erfolgreicher, sie schafft es zudem geschickt, die Jungs um den Finger zu wickeln.

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Leonard, Rajesh und Howard haben beschlossen, von der üblichen Donnerstags-Routine abzuweichen und einmal etwas anderes zu tun. Sie können sich aber mit Sheldon nur auf einen Besuch im Comicbuchladen einigen. Penny braucht einen Comic für den Geburtstag ihres Neffen und begleitet sie dorthin. Im Laden flirtet sie mit dem künstlerisch begabten Verkäufer Stuart und verabredet sich mit ihm.

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Howard ist deprimiert, da Leslie die Affäre mit ihm beendet hat. Um etwas Aufmunterung zu finden, schlägt Sheldon vor, nach Las Vegas zu fahren. Leonard, Rajesh und Howard sind begeistert von der Idee, Sheldon bleibt jedoch zu Hause und freut sich darauf, die Wohnung für sich zu haben und von niemandem gestört zu werden. Er sperrt sich aber aus der Wohnung aus, Penny hat den Reserveschlüssel nicht mehr und der Hausverwalter kann erst am nächsten Tag kommen. So muss er den Abend bei Penny verbringen

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Howard ist voller Stolz über die von ihm konstruierte Toilette für die Internationale Raumstation, welche gerade mit dem Space Shuttle an seinen Bestimmungsort gebracht wird, während die anderen ihn permanent damit aufziehen. Zudem bemerkt Howard noch einen Konstruktionsfehler, der die Toilette bald funktionsunfähig machen wird.

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Sheldon bekommt ein Angebot für eine dreimonatige Expedition zum magnetischen Nordpol, die eine wissenschaftliche Sensation zur Folge haben könnte, und überredet Leonard, Rajesh und Howard, ihn zu begleiten. Während Sheldon sich auf die bevorstehende Expedition freut und für das Team Trainingseinheiten anordnet (u.a. im Kühlraum der Cheesecake Factory), weckt der Abschied von Penny bei Leonard Zweifel, ob er sie für drei Monate verlassen kann, da er das Gefühl hat, dass Penny darüber unglücklich wäre. Auch Rajeshs Eltern und Howards Mutter sind wenig begeistert, dennoch brechen am Ende alle vier zu der Reise auf und richten sich am Nordpol häuslich ein.

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