Durch Promicin haben viele Menschen erstaunliche Fähigkeiten entwickelt, aber Tausende sind gestorben. Jordan Collier, der für die Verbreitung der Droge verantwortlich ist, die auch die geheimnisvollen Kräfte der 4400 Rückkehrer bewirkt hat, hadert mit seinem Gewissen. Unterdessen muss das Heimatschutzministerium mit einem Schüler fertig werden, der dank Promicin wie ein Gott angebetet wird.

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Tom und Diana sind verzweifelt auf der Suche nach einem Promicin-Positiven, der die Fähigkeit hat, die schlimmsten Ängste der Menschen wahr werden zu lassen. Unterdessen führt Kyles geheimnisvoller neuer Freund Cassie ihn zu einem Buch, das eine Prophezeiung über Jordan Collier enthält.

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Die einsame, alte Audrey Parker entwickelt mithilfe von Promicin die Fähigkeit, ihren Körper zu verlassen. So kann sie unbemerkt andere Menschen beobachten. Als Audrey ermordet wird, kann ihre immer schächer werdende Projektion immer noch durch elektronische Geräte mit Tom und Diana kommunizieren. Audrey versucht, sie zu ihrem Mörder zu führen.

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Diana entdeckt ihre Schwester April, die mithilfe von Promicin eine Fähigkeit entwickelt hat, die ihr Leben in Gefahr bringt. Shawn kandidiert unterdessen für ein öffentliches Amt.

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Tom spürt Jordan Collier in einer Kleinstadt auf, wo er umgeben von seinen Anhängern lebt. Und auch Toms Sohn Kyle ist auf dem besten Weg, sich Jordan anzuschließen. Jordan glaubt, dass das Buch über 'Weißes Licht' der Weg ist, den er gesucht hat, und Kyle sein Führer.

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Dokumentarfilmer Curtis Peck entwickelt in seinen Filmen krude Verschwörungstheorien. Er ist einer der 4400, hat sich aber schon länger nicht mehr im NTAC gemeldet. Tom und Diana finden ein Video, in dem Curtis wegen der Arbeiten an seinem aktuellen Film "Die Gezeichneten" um sein Leben fürchtet. Wie viel steckt wirklich hinter seinem neuen Projekt?

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Jordan Collier annektiert einen Teil von Seattle und ruft dort "Promcecity" aus. Mithilfe von Promicin soll diese neue Stadt der Ursprung eines neuen Garten Edens werden. Collier verspricht, die Wunder von "Promcecity" mit der Welt zu teilen. Aber wehe, wenn sich ihm jemand entgegenstellt.

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Im NTAC stehen sich plötzlich erbitterte Gegner gegenüber: Tom, Diana, Jordan Collier, Kyle und viele andere wachen dort auf, ohne sich erinnern zu können, wie sie dort hingekommen sind. Das Gebäude ist verschlossen und ohne jede Verbindung zur Außenwelt. Um aus der Falle zu entkommen, müssen alte Feinde zusammenarbeiten.

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Richard stattet seiner Tochter Isabell in Promcecity einen Überraschungsbesucht ab. Doch Isabells Freude über das Wiedersehen ist nur von kurzer Dauer, als er sie kurzerhand entführt. Richard will seiner Tochter ihre verlorene Jugend zurückgeben. Doch die möchte ihr neues Leben nicht aufgeben.

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Tom kann sich nicht auf die Suche nach Richard und dessen Tochter Isabell konzentrieren. Er wird von schrecklichen Träumen über die Zukunft geplagt. Richard unterdessen genießt die Zeit mit seiner jetzt wieder kleinen Tochter Isabell, als plötzlich seine verstorbene Frau Lily auftaucht. Kevin macht eine Entdeckung mit der man die Verträglich von Promicin voraussagen kann und die Shawn und Jordan entzweit.

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Ein gefährlicher Virus legt Computer im ganzen Land lahm. Offensichtlich ein Angriff auf die Software-Firma von Drew Imroth, der verdächtigt wird einer der "Gezeichneten" zu sein. Auch Tom gehört inzwischen zu ihnen und manipuliert die Ermittlungen in ihrem Sinne. Doch Diana und Meghan ahnen noch nichts.

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Isabelle arbeitet mit Tom zusammen, um an Jordan Collier heranzukommen. Rebecca macht sich unterdessen Sorgen, dass Maias Visionen ihren Plan mit Isabelle gefährden könnten und verlangt von Tom, Maia zu beinflussen. Unterdessen rekrutiert Shawn eine kleine Gruppe von Promicin-Positiven, um Kevin aus Promcecity hinauszuwerfen.

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Danny Farrels Fähigkeit, Promicin zu verteilen, tötet mehrere hundert Menschen, darunter seine eigene Mutter. Die NTAC ist gezwungen Promcecity um Hilfe zu bitten, um die Situation unter Kontrolle zu bringen. Shawn muss eine schwierige Entscheidung treffen, um seinen Bruder zu stoppen. Befreit von den 'Gezeichneten' muss Tom auch Jordan Collier zur Flucht verhelfen.

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