Die Frau von Richter Trelane ist aus nächster Nähe mit der Schrotflinte erschossen worden. Alles deutet auf einen Auftragsmord hin. Don vermutet den Täter unter denjenigen, die von Trelane verurteilt worden sind. Da der Richter gerade gegen Duc Lu Phan verhandelt, dem die Todesstrafe droht, richtet sich der Verdacht gegen dessen Asiaten-Gang. Kurz darauf wird deren zweiter Anführer, Raymond Hmong, festgenommen, als er Richter Trelane erschießen will.

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Erica Logan überfällt den Juwelier Rausch, legt ihm ein Bild seiner Frau und seiner Tochter vor und erpresst die Herausgabe von Diamanten mit dem Hinweis, dass seine Familie entführt worden ist. Auf dem Weg aus dem Laden wird die Frau vom Wachmann erschossen. Die Tote hat einen Autoschlüssel dabei, aber es ist kein passender Wagen zu finden. Da der Wagen einen automatischen Türöffner hat, entschlüsselt Charlie den Code des Schlüssels. Die Spur führt zu Steven, Ericas Vater.

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Skyler Wyatt, eine bekannte Sängerin und Schauspielerin, ist in ihrem Haus von einem Stalker belästigt worden, ihr Mann befindet sich bei Dreharbeiten in Europa. Mysteriös, dass die Sicherheitsanlage keinen Eindringling aufgezeichnet hat – Charlie stellt fest, dass der Täter das Alarmsystem gekannt haben muss. Skyler Wyatt hat vor diesem Zwischenfall einige Drohbriefe bekommen, sie haben zwar alle dieselbe Handschrift, passen aber irgendwie nicht zusammen.

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Lucinda Shay, die Finanzchefin von Syntel Corporation, ist in ihrem Haus erschossen worden. Sie hinterlässt ihren elfjährigen Sohn Daniel. Daniel hat zwar den Fluchtwagen des Täters gesehen, kann sich an ihn aber nicht erinnern. Es mangelt nicht an Tatverdächtigen, da die Syntel Corporation vor kurzem Konkurs angemeldet hat, weil Lucinda Shay etliche Betrugsfälle aufgedeckt hat. Somit kommt jeder der Beschäftigten, die jetzt ihre Arbeit verloren haben, in Frage.

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Der Passfälscher Korfelt geht dem FBI ins Netz, und bei der Durchsuchung seiner Wohnung fällt den Ermittlern ein Notizbuch in die Hände, in dem ein eigenartiger Code zu stehen scheint. Als Charlie das sieht, erkennt er sofort, dass der Code einen Hinweis auf ein bevorstehendes Attentat verbirgt. Die Befragung von Korfelt bringt sie auf die Spur des kolumbianischen Exilanten Ruiz, der ermordet werden soll. Doch die Zeit drängt und es scheint, als kämen Don und Charlie zu spät.

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Aus einer Übung der Homeland Security wird bitterer Ernst, als in einem U-Bahnhof ein Anschlag mit Giftgas stattfindet. Dennoch weigert sich der Leiter der Übung, Peter Houseman, dieses Training auszusetzen, solange der Attentäter nicht gefasst ist. Eine erste Spur führt zu einem Ex-Soldaten, doch der beteuert, mit der ganzen Sache nichts zu tun zu haben. Da erst entdeckt Charlie mit seinen Berechnungen, dass es kein Terrorakt war, sondern ein Attentat auf Houseman persönlich.

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Bei einer Reihe brutaler Einbrüche kommen mehrere Menschen ums Leben. Die Polizei ist ratlos und weiß nur so viel, dass die Täter sehr gut informiert sein müssen, da sie dort zuschlagen, wo es viele Wertsachen zu stehlen gibt. Mithilfe eines Algorithmus findet Charlie eine Gemeinsamkeit der Taten heraus: die Handys der Opfer. Als die Räuber schließlich auch Autofahrer überfallen, wird klar, dass die Täter die GPS-Chips in den Handys benutzen, um ihre Opfer zu orten.

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Das FBI hebt einen Drogenhändlerring aus, doch der Einsatz läuft nicht wie geplant. Ein Haus, in dem sich ein Drogenlabor befindet, fliegt in die Luft und einer der FBI-Männer stirbt. In den Ruinen des Hauses finden die Ermittler einen zerstörten Laptop. Auf dessen Festplatte sind Fragmente von Dateien. Charlie kann einige rekonstruieren und schnell wird klar, dass es hier nicht nur um Drogen geht, sondern auch um Kinderpornografie im großen Stil.

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Nachdem vier Menschen fast an der Einnahme von nicht verschreibungspflichtigen Medikamenten gestorben sind, wird das FBI eingeschaltet – man vermutet Produkt-Sabotage. Bald wird klar, dass alle Mittel – ein Nasenspray, ein Hustensaft sowie zwei Asthma-Inhalatoren – mit dem Mittel Primalect versetzt worden sind. Während die Ermittler noch rätseln, wieso gleich vier verschiedene Mittel von Graybridge Pharmaceuticals vergiftet wurden, taucht eine Art Gift-Manifest auf.

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Im Heritage-Museum wird Jennifer Abernathy getötet. Sie arbeitete an einem alten Schädel, der auf Indianerland gefunden worden war. Anhand der Aufzeichnungen stellt Charlie fest, dass das Alter des Schädels über 10.000 Jahre betragen muss. Das Land, auf dem der Schädel gefunden wurde, gehört dem Stamm der Wiyana, die, weil sie als Erste auf diesem Land siedelten, das Nutzungsrecht haben. Doch dann zeigt Don das Computer-Foto des Schädels der Wissenschaftlerin Mrs. Schmidt.

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Ein Brandstifter legt ein Feuer bei einem Autohändler, bei dem unglücklicherweise ein Verkäufer ums Leben kommt. Charlie bietet sich an, ein Profil des Brandstifters zu erstellen. Doch schnell muss er feststellen, dass hinter diesem Brand zwei Leute stecken müssen. Am Tatort ist das Symbol einer radikalen Umweltschutzgruppe, der „ELM“, aufgesprüht. Allerdings bestreitet die „ELM“ die Tat vehement.

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Bei einem Einsatz im Gang-Milieu kommt der undercover ermittelnde FBI-Agent Anthony Rhimes ums Leben. Weil die Staatsanwaltschaft nicht möchte, dass seine Tarnung auffliegt, kann er nicht mit allen Ehren bestattet werden. Charlie ist über die Anzahl der Gang-Schießereien schockiert. Er stellt die These auf, dass viele dieser Morde untereinander wie Ketten in Verbindung stehen, da ein Mord eine Vergeltungsaktion nach sich zieht, die wiederum gerächt werden muss.

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Vor einem Casino wird der Student Yuri Chernov erschossen. Weil sich die Überfälle auf erfolgreiche Spieler in letzter Zeit gehäuft haben, vermutet das FBI einen Serientäter. Im Auto des Toten werden Notizbücher gefunden, die voller Gleichungen sind. Das FBI kann auf Larrys Hilfe zurückgreifen, der offenbart, früher spielsüchtig gewesen zu sein. Er erkennt die Gleichungen als Hilfsmittel zum Kartenzählen, um zu ermitteln, welche Karten sich noch im Stapel des Croupiers befinden.

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Das FBI erhält einen Tipp, dass in einem Hotelkeller etwas Verdächtiges vorgeht. In einer abgelegenen Ecke des Kellers finden die Agenten jede Menge Blut sowie Eiswürfel und eine Autobatterie. Colby vermutet einen Folterkeller. Bei der weiteren Durchsuchung der Räumlichkeiten finden die Agenten Santi, eine Inderin, die völlig verschüchtert in einer Ecke sitzt. Anhand der geschmolzenen Eiswürfel kann Charlie berechnen, was an diesem Tatort passiert sein muss.

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Aus dem LIGO-Labor der CalSci ist ein DNS-Synthesizer gestohlen worden. Da man damit Erbgut bei bestimmten Krankheiten verändern kann, um sie somit zu biologischen Massenvernichtungswaffen zu wandeln, ist der Tatbestand des Hochverrats gegeben, sollte dieses Gerät außer Landes geschafft werden. Schnell gerät Ron Allen in Verdacht, da man für den Diebstahl dieses Gerätes ausgeprägtes Insider-Wissen sowie mathematische und physikalische Kenntnisse braucht.

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Auf ein Rekrutierungsbüro der US-Armee wird ein Bombenanschlag verübt, bei dem ein Mann ums Leben kommt. Zu diesem Anschlag bekennt sich die Gruppe Weather Underground. Ungewöhnlich ist daran, dass diese Gruppe das letzte Mal in den 70ern aktiv war. Don erhält Unterstützung von Larson, einem alten FBI-Agenten in Rente, der für diesen Fall reaktiviert wird. Schnell wird klar, dass der Fall deutlich komplizierter ist, als auf den ersten Blick gedacht.

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In einer abgelegenen Schlucht werden drei tote Latinas gefunden – alle Frauen sind brutal aufgeschlitzt worden. Die Ermittler bekommen bei diesem Fall Hilfe von einem Mann namens Kraft, dessen Visionen zum Auffinden der Leichen beigetragen haben. Charlie steht Kraft jedoch äußerst skeptisch gegenüber. Dons Meinung nach haben die drei Frauen als Drogenkuriere gearbeitet, die die Ware von Mexiko in die USA bringen sollten. Seine Recherchen führen die Ermittler zu Victor Borrego.

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Saida Kafaji, eine Anklägerin, die für das US-Kriegsverbrechertribunal im Irak tätig ist, wird in den USA ermordet. Saida war eine politisch aktive Irakerin, es gab eine Todesdrohung von einem extremistischen Geistlichen. Ein Agent der Einwanderungs- und Zollbehörde vermutet einen politischen Racheakt, da die Tote im Streit mit einem radikalen schiitischen Geistlichen lag. Nach einigem Zögern erklärt sich ihre Cousine bereit, dem FBI zu helfen.

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Mitglieder der Computerspiel-Gilde „Dunkle Materie“ veranstalten an einer Schule ein Massaker und entkommen – einer der Täter, Justin Price, wird bei der Festnahme erschossen. Charlie erkennt anhand rekonstruierter Fluchtbewegungen, dass auch Karen Camden an der Bluttat beteiligt war. Sie hatte sie als Racheakt an Mitschülern geplant, von denen sie auf einer Party vergewaltigt worden war. Justin Price sollte ihr bei dem Plan helfen.

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Die ATF-Agentin Nikki Davis, eine ehemalige Freundin von Don, soll sich selbst getötet haben. Bei den Untersuchungen finden Charlie und Larry heraus, dass sie zum Zeitpunkt ihres Todes jedoch nicht allein war. Richard Davis, ihr Ehemann, hat aber ein Alibi. Nikki war auf eine Bande von Bankräubern angesetzt, die mit militärischen Sturmgewehren vorgegangen sind. Doch woher stammen diese Waffen? Die Spur der Ermittlungen führte Nikki in die eigenen Reihen des ATF.

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Alec Schane wird bei einem Überfall auf das FBI-Büro gestellt. Nach der Angriffsanalyse entdecken die Ermittler das Motiv für die Attacke: Schane sollte die Beamten ablenken, um die Agenten Devries und Taggart mit illegal kopierten Dateien aus dem Gebäude entkommen zu lassen. Die gestohlenen Daten sollen dem inhaftierten Waffenhändler Mueller helfen, an Informationen über einen FBI-Agenten zu gelangen, der Mueller beim Prozess belasten kann. Mueller will den Zeugen ausschalten.

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Dem Team gehen zwei Phisher ins Netz, die über Massen-E-Mails an die Zugangsdaten unzähliger Konten kommen wollen. Sie arbeiten für einen gewissen Yuri, der es auf die Passina Nationalbank abgesehen hat. Er räumt Dons Konto leer und stellt damit die Kaution für die beiden Phisher, um sie anschließend ermorden zu lassen. Außerdem nimmt er auch den Sicherheitschef der Bank als Geisel.

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Am Strand werden fünf tote Frauen angespült. Eine von ihnen ist die chinesische Journalistin Susan Lim. Eine tätowierte Telefonnummer auf ihrer Fußsohle konnte sie identifizieren. Lim hatte zu einer Story über illegalen Handel mit Sexsklavinnen recherchiert. Das FBI kommt dahinter, dass noch mehr Frauen verschifft werden sollen. Mit einer Wahrscheinlichkeitsmatrix ermittelt Charlie den Standort des Containers, in dem die Frauen in China festgehalten werden.

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Chandler Yates ist mit 40 Jahren noch immer ein Muttersöhnchen. Als seine Mutter ihm den Geldhahn abdreht, wird er in seiner Wut zum Serienkiller. Zuvor hatte Chandler Frauen entführt, unter Drogen gesetzt und anschließend bei bizarren Sexspielen gefilmt. Don wird auf ihn aufmerksam, als man die Leichen seiner Opfer entdeckt. Charlie gerät inzwischen über einen Traum von seiner Mutter in Verwirrung. Er soll ihr eine bestimmte Frage stellen, aber welche?

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