Die Folge setzt mit einer Traumszene von Madoka ein, in der sie in einer befremdlichen Umgebung auf der Suche nach Homura Akemi umherirrt. Diese kämpft derweil gegen eine böse Macht an, ist ihr jedoch eher hoffnungslos unterlegen. Zugleich stachelt Madokas Familiar und Begleiter Kyubey sie an, dass sie den Wunsch äußern solle, sich in ein Magical Girl verwandeln. Nur so könne sie die Welt vor dem Untergang bewahren und ihre Freundin schützen. Noch vor der Entscheidung, von der sie Homura abbringen will, erwacht sie jedoch zu Hause in ihrem Bett. Während dieser Szene spielte die Musik des Abspanns Magia, die jedoch langsamer und dumpfer wiedergegeben wird. Erwacht aus ihrem Alptraum, beginnt für Madoka der für sie üblich Schulalltag, wobei bei den Vorbereitungen für den Tag auch ihre Familie – bestehend aus ihrer Mutter, ihrem Vater und jüngerer Bruder, vorgestellt wird. Auf dem Weg zur Schule wird der Zuschauer mit ihren Freundinnen vertraut gemacht. Dies sind die energetische Sayaka Miki und die eher in sich gekehrte Hitomi Shizuki. Zu Beginn des Unterrichts muss Madoka verwundert feststellen, dass sie eine neue Mitschülerin bekommen haben. Genau jene Homura Akemi, die Madoka in ihren Traum gesehen hatte. Noch merkwürdiger ist ihr zumute, dass Homura sie zu kennen scheint und mit ihr unter vier Augen sprechen will. Bei dem Gespräch stellt Homura ihr die Frage, ob sie sich um ihre Freunde sorgen würde oder nicht. Falls dies der Fall sei, solle sie auf jeden Fall so bleiben wie sie ist. Von der Situation etwas schockiert und nichts damit anfangen könnend, begibt sie sich zurück in die Klasse und besucht nach Schulende zusammen mit Sayaka noch ein Musikgeschäft um sich die neu erschienen Titel anzuhören. Dabei vernimmt Madoka einen schwachen Hilferuf. Diesem folgend gelangt sie in ein verlassenes Warenlager, wo sie auf das sich auf der Flucht befindliche und verwundete Familiar Kyubey stößt, welches von Homura gejagt wird. Homura besteht darauf, dass sie Kyubey ausliefern solle. In jenem Moment greift jedoch Sayaka ebenfalls in das Geschehen ein und verhilft Madoka zusammen mit Kyubey zur Flucht. Noch während sie laufen verändert sich die Welt um sie herum und sie scheinen in einer Art Illusion zu stecken, in der seltsame Kreaturen leben, die sich ihnen annähern und zu einer Bedrohung werden. Nahezu im letzten Moment bekommen sie jedoch Hilfe durch ein etwas älteres Mädchen, dem Magical Girl Mami Tomoe. Mit Leichtigkeit gelingt es ihr die Kreaturen auszuschalten und sie wieder aus der Parallelwelt zu führen. Dort wartet bereits Homura, die immer noch Kyubeys Auslieferung verlangt. Dies wird jedoch von Mami verneint, weshalb sich Homura gezwungen sieht, sich aus der Konfrontation zurückzuziehen. Noch während Mami das verwundete Familiar heilt, bittet es darum, das sich Madoka und Sayaka durch seine Hilfe ebenfalls in Magical Girls verwandeln.

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Nachdem Homura sich zurückzog erklärt Mami ihnen nach bestem eigenen Wissen, dass Kyubey die Fähigkeit besitzt ihnen einen Wunsch zu gewähren. Im Gegenzug würden sie sich in Magical Girls verwandeln und müssten gegen Hexen in den Kampf ziehen. Damit sie sich ein besseres Bild von dem Leben und den Aufgaben eines Magical Girls machen können, verspricht ihnen Mami sie auf ihrer nächsten Jagd beobachten zu lassen. Kyubey, der von ‚normalen‘ Menschen nicht gesehen werden kann, begleitet unterdessen die Mädchen am nächsten mit in die Schule. Zugleich bringt er ihnen bei sich telepathisch miteinander zu unterhalten. Zugleich spricht Homura erneut Madoka an, um erneut ihre Warnung zu unterbreiten. Zugleich bleibt sie Madoka die Frage schuldig, was sie sich gewünscht habe, bevor sie ein Magical Girl wurde. Nach Ende der Schule begeben sich nun Madoka, Sayaka und Mami gemeinsam auf die Jagd nach einer Hexe, die von Mami durch ein inneres Gefühl am Vortag aufgespürt hatte. Dabei sehen sie gerade noch, wie eine von der Hexe ‚verführte‘ Frau Selbstmord begehen will. Mit Hilfe von Mamis besonderen Fähigkeiten kann der Fall in den Tod jedoch verhindert werden. Während die Frau noch bewusstlos am Boden liegt begebe sich die drei in das innere des verlassenen Gebäudes. Dort finden sie einen Grief Seed der Hexe und können durch dieses Portal in die Parallelwelt der Hexe gelangen. Dort stellt Mami abermals ihre Fähigkeiten unter Beweis und kann beinahe mühelos die Hexe mit ihrer Spezialfähigkeit erschießen. Am Ende finden sie sich wieder in der realen Welt wieder, wo nur noch der Grief Seed von der Existenz der Hexe zeugt. Diesen nutzt Mami um ihren Soul Gem wieder aufzuladen. Homura die ihnen unterdessen auch gefolgt war, lehnt es jedoch das Angebot Mamis ab ebenfalls einen Teil der Energie des Grief Seeds aufzunehmen, um ihre magischen Kräfte aufzuladen.

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Die Geschichte geht nun etwas mehr auf die familiäre Situation der Charaktere ein. So wird Sayaka beim Besuch eines Schulfreundes im Krankenhaus gezeigt. Kyōsuke Kamijō liegt dort schon längere Zeit in einem geschwächten Zustand und kann seinen Körper und insbesondere seine Hände nach einem Unfall nicht mehr richtig bewegen. Dabei war er zuvor ein bewunderter Violinspieler und kann sich nicht mit der Situation abfinden, dass er sie vermutlich nie wieder spielen könne. Mami auf einer weiteren Exkursion begleitend können sie ihr nun teilweise ihren Wunsch entlocken. Dabei muss sie zugeben, dass sie nicht viel Zeit hatte darüber nachzudenken, schließlich sei sie in einem Verkehrsunfall verwickelt gewesen. Dies nutzt Mami aber zugleich um Sayaka über die Grundvorraussetzungen für die richtige Formulierung des Wunsches zu informieren. Der Wortlaut des Wunsches ist nämlich essentiell, damit er sich am Ende nicht als schlechte Entscheidung herausstellt. Später in der Nacht unterhält sich Madoka mit ihrer betrunkenen Mutter und ihrem Vater, um sich mit ihnen zu beraten, ohne jedoch den wahren Grund ihres Anliegens preiszugeben. Zugleich tritt Homura an Mami heran und warnt auch sie davor Madoka sich in ein Magical Girl verwandeln zu lassen. Abermals kann sie aber nicht richtig begründen, warum sie das nicht dürfe. Am nächsten Tag, bei einem erneuten Besuch von Kyōsuke, bemerken Madoka und Sayaka einen Grief Seed, der sich nah am Eingang des Krankenhauses befindet. Da der Grief Seed schon kurz vor der Aktivierung steht, beschließen sie, dass Madoka Hilfe holen soll, während Sayaka zusammen mit Kyubei die Parallelwelt betrifft, damit sie von der Unterstützung gefunden werden könne. Als Madoka mit Mami als Verstärkung zurückkehrt, stößt ebenfalls Homura dazu, die Mami vor dieser Hexe zu warnen gesucht, da sie etwas besonderes sei. Mami der dies überhaupt nicht gefällt, nutzt hingegen ihre magischen Fähigkeiten um Homura festzusetzen und folgt zusammen weiter mit Madoka der Spur zu Sayaka. Auf dem Weg berichtet Madoka davon, dass es ihr einziges Wunsch wäre sich in ein Magical Girl zu verwandeln um anderen Menschen zu helfen. Mami lehnt dies jedoch ab, da es sie nur dazu verleitet hätte einsam und ängstlich zu sein. Da Madoka ihr jedoch anbietet von nun an an ihrer Seite zu sein, fühlt sie sich sichtlich erleichtert. Als sich der Grief Seed aktiviert muss sich Mami zunächst mit dem kleineren Gefolge der Hexe auseinandersetzen. Beim Kampf gegen die eigentliche Hexe scheint es zunächst so, dass Mami die Oberhand hat und die Hexe zur Strecke gebracht wurde. Diese verwandelt sich aber in etwas wie eine riesige Raupe und erwischt damit Mami völlig unvorbereitet, die in diesem Moment durch einen Biss ihren Kopf verliert. Homura kann nur ahnen was geschehen ist, als sich die Fesseln von Mami lösen und versucht schnellstmöglich Madoka und Sayaka zu helfen. Sie ihrerseits kann die Hexe vollkommen überraschen, da sie sich scheinbar teleportieren kann und sie mit explosiven Waffen von innen heraus zur Strecke bringt. Während Homura den Grief Seed für sich beansprucht, stehen Madoka und Sayaka durch den Tod Mamis sichtlich unter Schock.

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Während sich erneut Gedanken über Kyōsuke macht und mit ansehen muss wie verzweifelt er ist, kämpft Madoka immer noch stark mit ihren Gefühlen, da sie den Tod von Mami nicht wirklich verarbeiten kann. Dabei muss sie zugeben, dass sie zur Zeit zu verzweifelt und verängstigt ist um sich zu der Entscheidung ein Magical Girl zu werden, durchzuringen. Entsprechend zieht sich Kyubey vorerst zurück, während Homura Madoka aufsucht. In einem Gespräch versucht sie Madoka beizubringen, dass dies das Schicksal aller Magical Girls sei, zu sterben und für alle anderen als vermisste Person zu gelten. Madoka hält ihrerseits an ihrem Glauben fest, dass sie Mami nie vergessen werde. Diese Liebenswürdigkeit ist nach Homura aber genau das, was Madokas größte Schwäche ist und sich gegen sie selbst richten könne. Sayaka, die viel Zeit mit Kyōsuke verbrachte, sieht sich immer mehr im Zugzwang und entscheidet sich schließlich Kyubey ihren Wunsch zu übermitteln. Währenddessen bemerkt Madoka das eine Gruppe von Menschen, darunter auch ihre Schulfreundin Hitomi Suzuki, von einer Hexe infiziert wurden und sich auf ihren Selbstmord vorbereiten. Madoka folgt ihnen und versucht die Massenselbsttötung zu verhindern. Dabei bringt sie die sich nicht mehr selbst beherrschenden Menschen gegen sich auf und sitzt nun in der verschlossenen Lagerhalle in der Falle, wo sie zugleich auch von der Hexe in die Parallelwelt entführt und mit Erinnerungen an Mamis Tod gefoltert wird. Für sie überraschend greift Sayaka in das Geschehen ein, die nun selbst ein Magical Girl ist. Ihr gelingt es die Hexe zur Strecke zu bringen und verhindert damit den Selbstmordversuch. Danach versucht sich Sayaka für ihre Entscheidung, trotz aller Warnungen ein Magical Girl zu werden, zu rechtfertigen, was sie jedoch nicht wirklich kann und anzeigt, dass sie eine leichtfertige Entscheidung getroffen hat. Am Ende der Folge wird Kyubey zusammen mit dem Magical Girl Kyōko Sakura gezeigt, die darüber, dass Sayaka den Platz von Mami eingenommen hat, überhaupt nicht erbaut ist und sich der Anfängerin stellen will.

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Sowohl Madoka als auch Homura sind wegen der Entscheidung Sayakas besorgt. Sayaka besucht unterdessen Kyōsuke und überglücklich, dass er nun seine Hand wieder bewegen kann und auf dem Weg der Besserung ist. Ebenso ist noch am gleichen Tag in der Lage auf der Violine ein Lied zu spielen, wodurch beide überglücklich sind. Madoka bittet, als Konsequenz auf die schlimmen Erwartungen für Sayaka, Homura um Unterstützung, die zu ihrer Verbündeten werden soll. Homura erwidert aber in typisch kühler Art, dass jene die ein Magical Girl geworden sind, nicht gerettet werden können. Eine Antwort die Madoka sehr missfällt. Am Abend des Tages machen Madoka und Sayaka gemeinsam Jagd auf ein Familiar einer Hexe. Jedoch entkommt das Wesen, da die Attacken von Sayaka von Kyōko geblockt werden. Als Begründung gibt sie an, dass es sich nicht lohne Familiars zu jagen, da diese keine Grief Seeds hinterlassen. Erst wenn sie sich in eine Hexe verwandeln würden, würden sie eine brauchbare Beute darstellen. Das aber bereits ein Familiar Menschen umbringen kann ignoriert Kyōko völlig, da sie nur an Grief Seeds von ausgewachsenen Hexen interessiert sei und sie diese nicht bekommen könnte, wenn man bereits das Familiar tötet. Daraus ergibt sich eine völlig neue Sicht für das Geschehen. Dies würde bedeuten, dass Magical Girls sich ihrer eigenen ‚Nahrungsgrundlage‘ berauben würden, wenn sie kein Übel dulden würden. Zu dieser Einsicht gelangen Sayaka und Madoka jedoch nicht, weshalb es zu einem blutigen Kampf zwischen Kyōko und Sayaka kommt, bei dem Sayaka sich jedoch schnell als weit unterlegen herausstellt. Madoka, die sich das geschehen aus der Distanz ansehen muss, steht kurz davor ihren Wunsch zu gebrauchen um den Kampf zu stoppen. Im letzten Moment greift jedoch Homura ein und stellt sich zwischen die Beiden.

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Die Folge schließt genau an das Ende der vorherigen Folge an. Dabei wird Sayaka von Homura kurzerhand bewusstlos geschlagen und zwingt Kyōko den Ort des Geschehens zu verlassen. Abermals richtet sie sich an Madoka, dass sie auf keinen Fall eingreifen solle. Nach diesem Ereignis sucht Homura Kyōko auf und unterbreitet ihr das Angebot, dass sie die Stadt als Jagdgebiet haben könne. Ebenso unterhalten sie sich über die bevorstehende Walpurgisnacht, die in der nächsten Woche stattfinden soll. Madoka beginnt unterdessen sich immer mehr Sorgen um Sayaka zu machen, die ihre Appelle ignoriert mit Kyōko zu verhandeln. Ebenso zeigt sie eine starke Abneigung gegenüber Homura, da sie alle Magical Girls, bis auf Mami, für selbsteingenommen hält. Am folgenden Abend stoßen Sayaka und Kyōko erneut aufeinander, wobei Sayaka von den Worten Kyōkos provoziert wird. In dem Moment wo sich beide bereits transformieren und der Kampf unmittelbar bevorsteht, greift Madoka in das Geschehen ein. Sie greift dabei nach dem Soul Gem von Sayaka, den sie kurzerhand von der Straßenbrücke wirft. So hofft sie den Kampf unterbinden zu können, muss jedoch schnell feststellen, dass Sayaka leblos zusammenbricht. Davon ist selbst Kyōko schockiert, da sie so etwas auch noch nicht erlebt hatte. Kyubey, der ihnen unbemerkt gefolgt war, meldet sich nun zu Wort und teilt ihnen mit, dass dies Teil des Vertrages sei. Schließlich sei ihre Seele nicht mehr in ihrem Körper sondern in dem Soul Gem. Ihr Körper sei unterdessen durch einen anderen ersetzt worden, der nur in einem Umkreis von etwa 100 Metern von diesem funktioniere. Aber auch Homura folgte den Geschehnissen und kann den Soul Gem von Sayaka, der auf einen Lastwagen gefallen war, wiederbeschaffen. Damit gelingt es ihnen Sayakas leblosen Körper wiederzubeleben, die sich selbst aber nicht mehr an die Geschehnisse dazwischen erinnern kann.

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Sich ihrer Situation bewusst geworden richtet sich die Wut Sayakas gegen Kyubey, da er ihr die Wahrheit verschwiegen hätte. Jedoch kann er sie von der Notwendigkeit des Austauschs ihres Körpers überzeugen, als er sie die Schmerzen fühlen lässt, die sie während des Kampfes gegen Kyōko empfunden hätte, wenn ihre Seele nicht von ihrem Körper getrennt wäre. Am nächsten Tag wird Homura von Madoka in der Schule nach den wahren Absichten von Kyubey befragt, warum er so reagiere und warum sie es nicht selbst etwas gesagt hätte. Homuras Antworten darauf sind für Madoka niederschmetternd. Denn zum einen gibt Homura bereitwillig zu, dass sie es gar nicht erst versucht hätte, da es ihr sowieso niemand geglaubt hätte. Zudem soll Kyubey keinerlei Verständnis für menschliche Werte besitzen, weshalb ihn nichts davon abhalte. Währenddessen bietet die selbst durch die Situation etwas mitgenommene Kyōko Sayaka ein Gespräch an. In der verlassenen Kirche, in der sie einst zusammen mit ihrem Vater und ihrer Schwester aufwuchs, offenbart sie Sayaka ihren einstigen Wunsch. Sie wünschte sich, dass ihr Vater und Prediger auf Gehör bei der Bevölkerung stoßen werde, was ihm bis dahin verwehrt blieb. Zunächst konnte sich ihr Vater dadurch eine große Anhängerschaft sichern, was auch ihre persönliche Situation verbesserte. Doch mit der Zeit kam ihr Vater dahinter, dass es sich um Magie handeln müsse. In Folge dessen wurde er wahnsinnig, tötete seine Familie und schließlich sich selbst. Obwohl Kyōko damit Sayaka eine Entschuldigung für ihr bisheriges Verhalten anbietet, schlägt sie ihren Rat aus, dass sie damit zu rechnen habe auf dieselbe Weise hintergangen zu werden. Zugleich nutzt Sayaka die Situation um Kyōko, die sich alles ohne Gegenleistung wie selbstverständlich beschafft, auf den Verlust ihrer Menschlichkeit, bzw. ihres Mangels an Respekt hinzuweisen. Ein weiterer Tag vergeht, bis Kyōsuke beschließt wieder die Schule zu besuchen. Dabei versucht Sayaka in seiner Nähe zu bleiben, da sie sich ja schließlich noch immer Hoffnungen darauf macht, dass ihre Liebe zu ihm erwidert wird. In der Mittagspause ändert sich die Stimmung aber schlagartig. Ihre Freundin Hitomi gesteht ihr während des Essens, dass sie schon seit langer Zeit in Kyōsuke verliebt sei. Sie sei aber so fair Sayaka noch einen Tag Zeit zu geben, bevor sie ihm ihre Liebe gestehe. Dies ist der Moment wo Sayaka beginnt ihre Entscheidung wirklich zu bereuen, da sie sich in ihrem aktuellen Zustand als Magical Girl nicht vorstellen könne mit Kyōsuke zusammen zu sein. Am Abend des Tages, an dem sie erneut gemeinsam Jagd nach Hexen machen, wird eine starke Verwandlung Sayakas deutlich. Sie stürzt sich verbissen und rücksichtslos dabei verwundet zu werden in Kampf, während sie zugleich wie verrückt lacht.

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Nachdem Sayaka die Hexe besiegen konnte, lehnt sie es jedoch aus Frust die Aufnahme und Verwendung des Grief Seeds ab. Als Madoka bemüht ist Sayaka wieder zu Vernunft zu bringen, äußert sich die tief sitzende Frustration derart, dass sie ihrer besten Freundin Vorwürfe macht und letztendlich davonläuft. Unterdessen treffen sich Homura und Kyōko zu einem Gespräch über die bevorstehende Walpurgisnacht in die sich auch Kyubey einmischt. Er berichtet ihnen in sachlichen Ton, dass etwas schlimmes passieren werde, wenn Sayaka nicht ihren Soul Gem nicht bald reinigen würde. Sayaka bleibt unterdessen die Nacht über ihrem Zuhause fern und beobachtet am nächsten Tag wie Hitomi sich anschickt dem mittlerweile wieder recht fitten Kyōsuke ihre Liebe zu gestehen. Dadurch noch weiter verzweifelt, schlägt sie auch die letzte Bitte von Homura aus einen ihrer Grief Seeds anzunehmen. Nachdem auch dieser letzte Versuch gescheitert ist, entschließt sich Homura Sayaka zu töten, um Madoka weitere Schmerzen zu ersparen. Dazu kommt es jedoch nicht, da Kyōko sie davon abhält. Kyubey versucht unterdessen die Gunst der Stunde zu nutzen um die verzweifelt nach Sayaka suchende Madoka zu überzeugen nun dennoch ein Magical Girl zu werden, um auf diesen Weg ihre Freundin zu retten. Kurz davor stehend ihren Wunsch auszusprechen greift jedoch Homura in das geschehen ein, die Kyubey vor den Augen Madokas mit Kugeln durchsiebt. Homura, die sonst sehr kühl und abgeklärt agiert hatte, bricht daraufhin selbst in Tränen aus und bittet Madoka auf keinen Fall sich so selbstlos zu opfern. Madoka, die in diesem Moment recht ratlos und durcheinander ist, begibt sich daraufhin weiter auf die Suche nach Sayaka, während Homura mit der Überresten von Kyubey zurückbleibt. Kyubey ist aber keinesfalls tot. Stattdessen taucht ein weiterer mit gleicher Persönlichkeit auf, der die Überreste verschlingt. Danach erkennt er Madoka als ein Magical Girl, das aus einer anderen Zeitlinie stammt. Sie selbst erfährt das Kyubey eigentlicher Name Incubator ist. Die seitdem noch nicht wieder aufgefundene Sayaka steigert sich unterdessen immer weiter in Situation hinein und wird in einem Zug Zeuge einer Unterhaltung zwischen zwei jungen Männern, die Wertigkeit von Frauen auf das niedrigste herunterspielen. In ihrer starken Depression stellt sie sich den beiden und bringt sie um. Zurückgezogen auf einer Bank wird sie schließlich von Kyōko gefunden, die sich aber auch noch ihre Reue anhören kann und schließlich sieht wie der Soul Gem von Sayaka sich komplett schwarz färbt, zerbricht und sich in einen Grief Seed verwandelt.

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Kyubeys Befürchtungen haben sich bewahrheitet: Sayaka ist eine Hexe geworden, die Unheil bringt. Kyoko möchte Sayaka helfen, und bittet Madoka um Hilfe.

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In einer alternativen Zeitlinie werden die Rollen gewechselt. Als Madoka und Mami im Kampf gegen Walpurgisnacht getötet werden, liegt es an Homura, Madoka zu retten.

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Homura steht Walpurgisnacht im Kampf gegenüber. Trotz ihrer guten Angriffs-Taktik merkt Homura schnell, dass sie nicht gewinnen kann. Kann Madoka sie retten?

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Madoka entschließt sich, ein Magical Girl zu werden. Welchen Wunsch wird ihr Kyubey im Austausch gegen ihre Seele erfüllen?

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