Die Familie Hawkins versucht, ihr Leben wieder in die richtigen Bahnen zu lenken. Niska ist auf ihrer Flucht in Berlin gelandet. Dort sieht sie sich zu einer Entscheidung gedrängt, die sich als verhängnisvoll entpuppt. Leo, Max und Mia haben währenddessen ein Versteck in der Nähe einer Küstenstadt gefunden. Doch schon bald fühlen sie sich dort von einer mysteriösen Organisation bedroht.

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Leo erfährt von Jansen, dass es einen Ort namens „Silo“ gibt, an dem die gejagten Synths gefangen gehalten werden. Mia arbeitet für Ed und versucht ihm zu einem Bankkredit zu verhelfen, da er in finanziellen Schwierigkeiten steckt. Schnell muss er feststellen, dass Mia kein herkömmlicher Roboter ist, denn sie ist in der Lage, Schmerz zu verspüren. Laura Hawkins will Niska dabei unterstützen, eine ordnungsgemäße Verhandlung zu bekommen – einen Prozess, der auch einem Menschen zustünde. Laura und Joe scheinen sich derweil wieder anzunähern. Athena, eine Wissenschaftlerin für künstliche Intelligenz, versucht herauszufinden, was die Anomalien der Synthetics ausgelöst haben.

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Laura begleitet Niska zu einer Untersuchung, bei der herausgefunden werden soll, ob sie tatsächlich ein menschliches Bewusstsein hat oder nicht. Dabei zeigt Niska eine Reaktion, die Laura so nicht erwartet hätte. Karen tritt derweil ihren Dienst wieder an und ihre Kollegin Tabitha hat längst herausgefunden, dass sie ein Verhältnis mit Pete hat. Nachdem Ed Mia zunächst rausgeworfen hat, gesteht sie ihm ihre Liebe. Zunächst verstört, wird ihm klar, dass auch er Gefühle für den Synth hegt. Athena reist nach England, um von Professor Hobb mehr über das Bewusstsein der Synths zu erfahren.

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Pete versucht, hinter das Geheimnis der „Seraphim“ zu kommen. Aber bei einem fingierten Verkaufstreffen gerät er in eine Falle. Ed, der schon länger in finanziellen Schwierigkeiten steckt, erfährt, dass die nicht bezahlten Pflegekosten für seine Mutter nicht länger aufgeschoben werden können. Währenddessen wird Sophie im Haus der Hawkins von einem Kinderpsychologen begutachtet. Dieser rät Laura, das Mädchen eine Zeit von den Synths fernzuhalten. Niska und Astrid treffen überraschend wieder aufeinander und erst jetzt erfährt Astrid, dass sie sich in einen Synth verliebte. Eines Tages taucht zudem ein fremder Synth bei Laura auf und setzt sie unter Druck, den Fall mit Niska aufzugeben.

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Ed und sein Freund Danny haben Mia überwältigt und wollen sie verkaufen. Mia schafft es, sich so zu manipulieren, dass sie wieder zum Synth Anita wird – ohne Bewusstsein. Sophie dagegen verhält sich immer mehr wie ein Synth und ihre Eltern versuchen weiterhin, sie von davon abzubringen. Toby möchte den Synth Renie näher kennenlernen, ist aber ziemlich verstört als sie ihn Erwachsenen-Befugnisse freischalten lässt. Leo und Hester wollen ins Silo eindringen und sie merkt, dass sie immer mehr Gefühle für ihn hat. Mattie konnte eine eigene, schnellere Version des Codes entwickeln, durch den Synths ein Bewusstsein bekommen. Außerdem steht eine Entscheidung in Niskas Fall an.

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Athena findet heraus, woran Milo tatsächlich arbeitet: an Kinder-Synths mit Bewusstsein, den sogenannten Seraphim. Mia taucht in Gestalt von Anita plötzlich bei den Hawkins auf. Pete nimmt den Seraph, den er gefunden hat, mit nach Hause und stellt ihn Karen vor. Karen erkennt darin eine Möglichkeit, vielleicht doch eine Art Familienleben mit Pete zu haben. Odi versucht Bedeutung in seinem neuen, bewussten Leben zu finden und entscheidet sich letztendlich, weiter den Menschen zu dienen. Max lernt den erwachten Synth Flash kennen. Gemeinsam wollen sie einen Ort für bewusste Synths gründen, die friedlich leben möchten.

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Leo, Hester und Mia wollen weiterhin die eingesperrten Synths mit Bewusstsein befreien. Unterdessen hadert Karen immer noch mit ihrem Dasein als fühlender Synth und sucht Hilfe bei Athena, die ihr dabei helfen soll, sich mehr als Mensch zu fühlen. In Ihrer Verzweiflung bittet Mattie Max um Hilfe. Er willigt ein, mit ihr zu Qualia zu fahren und zu versuchen, Leo zur Vernunft zu bringen. Toby bittet seine Freundin Renie, die wie ein Synth lebt, mit Sophie zu reden. Hier wird ihr klar, dass sie doch kein Leben als Synth führen möchte und sie legt diese Identität wieder ab. Laura kann Niska ausfindig machen, doch sie weigert sich, ihr zu helfen und flüchtet erneut.

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Nach den Geschehnissen im Silo will Hester sich an Leo rächen. Währenddessen fällt Karen eine folgeschwere Entscheidung und sie muss feststellen, dass sie und Sam keine Zukunft haben werden. Niska nimmt sich derweil vor, zurück nach Berlin zu kehren. Denn dort hatte alles mit Astrid begonnen, die ihr einfach nicht mehr aus dem Kopf geht. Auf der anderen Seite fällt es ihr aber schwer, ihre Familie erneut vor den Kopf zu stoßen. Schlussendlich konfrontiert Joe Laura mit einer schockierenden Entscheidung, die alles verändert.

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