Nach den letzten traumatischen Ereignissen sind sechs Monate vergangen. Molly lebt nun in einer psychiatrischen Klinik, um das Erlebte zu verarbeiten. Als sie aus den Nachrichten vom Tod einer Frau erfährt, die mit aufgeplatztem Bauch aufgefunden wurde, erinnert sie das nur zu gut, an ihre eigene mysteriöse Schwangerschaft. Sie will weiter nachforschen und beschließt deshalb, die Klinik zu verlassen. Bei ihrer Rechereche lernt sie den Cop JD Richter kennen, der eigentlich auf ihren Fall angesetzt wurde.

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Molly und JD sind mitten in den Recherchen, um den mysteriösen Tod der kürzlich verstorbenen Frau aufzuklären. Sie stoßen auf eine weitere Schwangere, die unerklärliche, doch lebensbedrohliche Symptome aufweist. Molly nehmen die jüngsten Ereignisse so sehr mit, dass sie an ihrer geistigen Gesundheit zu zweifeln beginnt. Unterdessen leider Julie unter Ethans rebellischem Verhalten.

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Die quälende Ungewissheit hat ein Ende: Molly erfährt, was wirklich mit ihrem Sohn geschehen ist. Unterdessen beschließt Julie, Ethans Gedächtnis zu löschen – mit ungeahnten Konsequenzen.

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Sie tauchen unverhofft auf und machen Mollys Alltag zum Albtraum: Blackouts! Sie macht sich auf die Suche nach dem Grund für ihre Gedächtnislücken. In der Zwischenzeit hilft sie der Regierung, den DNA-Code der Sporen zu knacken.

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Molly will gemeinsam mit JD die wahren Umstände für Johns Tod herausfinden. Obwohl JD nach den intensiven letzten Monaten Ruhe und einen geregelten Alltag braucht, bietet er Molly seine Hilfe an. Mithilfe eines ehemaligen Mitstreiters namens Ray, findet er heraus, dass John im Auftrag der Regierung ermordet wurde. Unterdessen stellt Molly erschrocken fest, dass ihr Sohn Ethan umprogrammiert wurde und nun Julie als seine Mutter annimmt.

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Molly driftet immer mehr von ihrer eigenen Persönlichkeit ab, ihr ganzes Wesen zieht in die Richtung ihres außerirdischen Sohnes. Sie hört Stimmen, hat unbändigen Hunger und ein starkes Verlangen nach Sex. Gemeinsam mit JD findet sie ihren Sohn Ahdu, der ihr erklärt, dass die außerirdische Spezies nichts Böses im Sinn hat, sondern friedlich mit den Erdenbürgern zusammenleben möchte. Molly traut seinen Worten jedoch nicht …

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Julies Forschungslabor hat eine Armee von Kriegsrobotern in Menschengestalt hervorgebracht, die sich auf die Suche nach dem Camp der Außerirdischen machen sollen. Unterdessen vermittelt Molly zwischen der Regierung und den Außerirdischen. Dafür gibt es zwei Beweggründe: Wenn die Regierung das Virus gegen die „Fremden“ loslässt, wird auch Molly sterben. Außerdem glaubt sie daran, dass ein friedliches Zusammenleben zwischen Menschen und der fremden Spezies möglich ist.

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Die Humanich-Armee macht sich auf den Weg, um das Versteck der Außerirdischen zu zerstören. Hinter dem Auftrag steckt Shepherd, der nicht an ein friedliches Zusammenleben zwischen Außerirdischen und Menschen glaubt. Während die Roboter viele Außerirdische töten, sorgt das freigelassene Virus für weitere Opfer unter der fremden Spezies. Auch Molly ist infiziert und ihre Verwandlung in einen Außerirdischen ist nicht aufzuhalten.

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Es steht nicht gut um Molly. Shepherd und Nate versuchen zwar mit allen Mitteln, ihren Gesundheitszustand zu verbessern, doch nichts schlägt an. Molly wünscht sich, ihren Sohn Ethan noch einmal zu sehen, bevor es mit ihr zu Ende geht. Julie und Charlie programmieren den Roboterjungen daraufhin wieder zurück, so dass die Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit seiner Mutter wieder präsent sind.

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Molly kämpft ums Überleben und wird von furchtbaren Albträumen geplagt. Schließlich gelingt ihr das Unfassbare: Sie kann sich durch eine Reaktivierung wieder ins Leben zurückholen. Nun versucht sie gemeinsam mit JD und Ethan, Terra von der Zerstörung des Virenraums abzuhalten, während Lucy Nate umbringt. Als Molly Terra ausfindig macht, ist sie gerade dabei, den Knopf zu drücken, der das Virus auf die Menschheit loslässt …

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Lucys Verhalten wirft immer mehr Fragen auf. Sie berichtet Charlie und Julie, dass sie ihre Instruktionen von einer höheren Stelle erhält. Die beiden machen sich auf die Suche nach dem mysteriösen Auftraggeber und finden ihn in Calderon, einem ehemaligen Mitarbeiter von John, der aus dem Untergrund agiert. Sie beschließen, Lucy in eine Falle zu locken und ihre Programmierung zu löschen, doch die Humanichs-Frau ist zu schlau, um darauf hereinzufallen.

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Um die Welt vor dem Untergang zu bewahren, müssen Molly, JD und Charlie Taalr infiltrieren und unschädlich machen. Dieser hat eine riesige Humanichs-Armee erschaffen, die er auf die Menschheit loslässt – bewaffnet mit dem tödlichen Virus. Molly überredet Fiona, sie im Kampf gegen Taalr zu unterstützen. Fiona zeigt vollen Einsatz und setzt dabei ihr eigenes Leben aufs Spiel …

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Molly macht einen grausigen Fund: Ihr Freund JD ist tot, alle Reanimierungsversuche schlagen fehl. Sie beschließt, ihm eine Injektion mit ihrem Blut zu verabreichen. JD kommt tatsächlich wieder ins Leben zurück, läuft aber Gefahr, sich in einen Hybriden zu verwandeln. Im Kampf gegen Taalr begegnet Molly ihrer Humanich-Kopie, die sie kurzer Hand außer Gefecht setzen kann. Lucy wechselt die Seiten und unterstützt Charlie, Julie, Ethan und Molly im Kampf gegen Taalr.

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