Commissioner Gordon wird verdächtigt, von Rupert Thorne Bestechungsgelder anzunehmen. Als Gordons Tochter das hört, will sie unbedingt beweisen, dass ihr Vater unschuldig ist, und bittet Batman um Hilfe. Der wird aber von Two-Faces Schlägertypen aufgehalten. Und so beschließt sie, die Sache in die eigene Hand zu nehmen und als Batgirl zurückzukehren, um den Namen ihres Vaters reinzuwaschen.

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Robin entdeckt, dass Gil Mason mit der Unterwelt zusammenarbeitet und nimmt ihn genauer unter die Lupe. Bei seinen Nachforschungen stößt Robin auf Batgirl, die es ebenfalls auf Mason abgesehen hat. Schließlich erfahren die beiden, dass Mason gemeinsam mit Two-Face versucht, Commissioner Gordon in Verruf zu bringen – und dass die zwei Batman gefangen halten.

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Clayface fällt im wahrsten Sinne des Wortes langsam auseinander, denn sein lehmartiger Körper löst sich mehr und mehr auf. Glücklicherweise arbeitet ein Wissenschaftler, den er noch aus seinen alten Zeiten als Filmstar kennt, an einem Gegenmittel. Doch Hagen hat nicht genug Geld und muss stehlen, um die teuren Bestandteile des Heilmittels bezahlen zu können. Bald ist ihm Batman auf der Spur.

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Veronica Vreeland kehrt von einer Reise zurück und hat für all ihre Freunde kleine handgefertigte Puppen mitgebracht. Legt man sich die Puppen unter das Kopfkissen, nehmen sie angeblich die Sorgen der Schlafenden auf. Was aber weder Veronica noch ihre Freunde wissen: Die Puppen wurden von Mad Hatter hergestellt und enthalten kleine Mikrochips, die ihre Besitzer hypnotisieren können.

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Dr. Matthew Thorne, der seine Lizenz als Arzt verloren hat, wird von seinem jüngeren Bruder, dem Verbrecherboss Rupert Thorne, dazu gezwungen, an ihm eine komplizierte Operation durchzuführen. Da Matthew seinen Bruder nicht alleine operieren kann, entführt er Dr. Leslie Thompkins, die ihm helfen soll. Als Batman entdeckt, dass Leslie verschwunden ist, macht er sich auf die Suche nach ihr.

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Poison Ivy ist nicht nur aus dem Arkham Asylum entlassen worden, sondern scheint auch ihre Verbrecherkarriere an den Nagel gehängt zu haben. Sie hat einen Arzt geheiratet, führt ein Leben als unbescholtene Bürgerin und hilft dem Doktor dabei, seine zwei Söhne großzuziehen. Als jedoch wieder Verbrechen begangen werden, die Poison Ivys Handschrift tragen, wird Batman misstrauisch.

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Als Killer Croc auf einem Gefangenentransport die Flucht gelingt, heftet sich kurz darauf Batman an seine Fersen. Bei einer gefährlichen Jagd durch die Wildnis gelingt es dem Schurken tatsächlich, den Superhelden für einige Zeit abzuschütteln und sich zu verstecken. Der Reptilienmann findet Unterschlupf bei Zirkusleuten und kann sie davon überzeugen, ihm zu helfen.

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Eine geheimnisvolle Schriftrolle der Ägypter, die Bruce Wayne dem Museum in Gotham geschenkt hat, wird von Ra’s Al Ghul gestohlen. Sofort schließen sich Batman und Talia zusammen, um den machthungrigen Ra’s davon abzuhalten, die gefährlichen Geheimnisse der Rolle zu offenbaren. Die beiden landen schließlich in einem versteckten Tempel tief in der Wüste Ägyptens.

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Janet Van Dorn, die neue Staatsanwältin in Gotham City, landet gemeinsam mit Batman vor Gericht, nachdem die beiden von Batmans Feinden entführt wurden. Im Gerichtssaal wird den beiden durch Richter Joker und Staatsanwalt Twoface vor der Jury mit Poison Ivy, Harley Quinn, Mad Hatter, Killer Croc, Scarecrow und dem Riddler der Prozess gemacht.

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Der Joker hat eine Atombombe gestohlen. Batman und Robin müssen den verrückten Verbrecher so schnell wie möglich finden und aufhalten. In ihrer Not nehmen die beiden die Hilfe von Harley Quinn in Anspruch, die ihnen beim Aufstöbern des Superverbrechers helfen soll. Endlich erfahren wir auch, wie Harley einst Joker kennengelernt hat.

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