Im Jahr 2032 ersetzen zunehmend industriell gefertigte Körperteile sowie komplette Roboterserien die begrenzte Belastungsfähigkeit humaner Zellen.Dies ist die Welt in der “Sektion 9”, eine Spezialeinheit des japanischen Innenministeriums gegen den Cyber-Terrorismus kämpft. Batou, dessen Partnerin Major vor drei Jahren ihren physischen Körper verloren hat und nur noch als “Geist” existiert, wird gemeinsam mit seinem neuen Partner Togusa auf eine mysteriöse Mordserie angesetzt. Ein weibliches Cyborg-Modell, spezialisiert auf die Befriedigung triebgesteuerter Liebesbedürfnisse, tötet scheinbar wahllos seine Besitzer um anschließend Selbstmord zu begehen. Im Laufe ihrer Ermittlungen werden die beiden Agenten mit eiskalten Yakuza-Mitgliedern, skrupellosen Schwarzmarkthändlern, zwielichten Regierungsmitgliedern und einem morbiden Computerhacker an der Schwelle zwischen Genialität und Wahnsinn konfrontiert, bevor sie schließlich auf die abscheuliche Wahrheit hinter den Verbrechen stoßen.