Die Newcomerin Esme Creed-Miles kehrt als Hanna zurück, die titelgebende jugendliche Attentäterin, die nach ihrer Flucht aus einer unterirdischen CIA-Einrichtung in jungen Jahren in der Wildnis aufgewachsen und von ihrem exoperativen Vater zur perfekten Tötungsmaschine ausgebildet wurde. Hanna ist gezwungen, zu flüchten und sich in Teilen Europas zu verstecken, als sie versucht, einer verdeckten Regierungsbehörde auszuweichen, die will, dass sie eliminiert wird. Hanna erfährt schließlich, dass sie eine von vielen ist, die Teil eines genetisch verbesserten Attentäterprogramms für die CIA waren.