Im legendären Tempel des Meeres soll die sagenumwobene Seekrone liegen, die unglaubliche Macht birgt. Jedoch ist der Tempel immer in Bewegung und niemand weiß, wo er sich gerade befindet, außer dem legendären Pokémon Manaphy. Der Pirat Phantom stiehlt ein Ei eines Manaphys und damit zum Tempel des Meeres gelangen. Der Pokémon Ranger Jack Walker versucht ihn aufzuhalten. Als Ash und seine Freunde sich mal wieder verirrt haben, geraten sie in genau diesen Konflikt und ein neues Abenteuer beginnt.